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万見
- PDB-6sp2: CryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp2
タイトルCryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster
要素Membrane protein TMS1d
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Anti-retroviral / TM10 / SERINC fold / novel fold
機能・相同性Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / membrane / CARDIOLIPIN / Chem-P5S / Membrane protein TMS1d
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Pye, V.E. / Nans, A. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150481 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: A bipartite structural organization defines the SERINC family of HIV-1 restriction factors.
著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / ...著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Yasuhiro Takeuchi / Phillip J Stansfeld / J Mark Skehel / Carol V Robinson / Massimo Pizzato / Peter Cherepanov /
要旨: The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of ...The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of human SERINC5 and its orthologue from Drosophila melanogaster at subnanometer and near-atomic resolution, respectively. The structures reveal a novel fold comprised of ten transmembrane helices organized into two subdomains and bisected by a long diagonal helix. A lipid binding groove and clusters of conserved residues highlight potential functional sites. A structure-based mutagenesis scan identified surface-exposed regions and the interface between the subdomains of SERINC5 as critical for HIV-1-restriction activity. The same regions are also important for viral sensitization to neutralizing antibodies, directly linking the antiviral activity of SERINC5 with remodeling of the HIV-1 envelope glycoprotein.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10279
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein TMS1d
B: Membrane protein TMS1d
C: Membrane protein TMS1d
D: Membrane protein TMS1d
E: Membrane protein TMS1d
F: Membrane protein TMS1d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,92930
ポリマ－328,3306
非ポリマー25,59924
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, larger MWt peak on gel filtration; higher bands visible in SDS PAGE and shift in native PAGE; hexamer seen by negative stain EM and this cryoEM structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area32380 Å2
ΔGint-350 kcal/mol
Surface area91730 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Membrane protein TMS1d


分子量: 54721.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: TMS1, CG4672 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9U6P4
#2: 化合物
ChemComp-LMN / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P
#4: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SERINC homo-hexamer / タイプ: COMPLEX
詳細: homo-hexamer of SERINC from Drosophila melanogaster recombinantly expressed and purified in detergent micelle; imaged as single particle.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.32805646 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.04 Msodium chlorideNaCl1
20.01 MHEPESC8H18N2O4S-NaOH1
30.5 mMTCEPC9H15O6P1
40.5 mMDTTHSCH2CH(OH)CH(OH)CH2SH1
50.0003 %LMNGC47H88O221
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Freshly purified mono-dispersed sample
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: wait 60 seconds, blot for 3-4 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 詳細: 5,807 movies were collected

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10cryoSPARC2最終オイラー角割当ab initio
11RELION2.1分類
12cryoSPARC2３次元再構成NuRefinement
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1857080
詳細: A sub-set of particles semi-automatically picked in EMAN2 Boxer were used to generate the starting 2D class averages, which, upon low-pass filtering to 20 A, served as templates for auto- ...詳細: A sub-set of particles semi-automatically picked in EMAN2 Boxer were used to generate the starting 2D class averages, which, upon low-pass filtering to 20 A, served as templates for auto-picking of the entire dataset.
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159252 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 150.6 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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