[日本語] English
万見
- PDB-6sgs: Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sgs
タイトルCryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
要素
  • DARPin
  • Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RND transporter / efflux pump / drug transport / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / lipid nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / 生体膜 ...xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Szewczak-Harris, A. / Du, D. / Newman, C. / Neuberger, A. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council742210 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Interactions of a Bacterial RND Transporter with a Transmembrane Small Protein in a Lipid Environment.
著者: Dijun Du / Arthur Neuberger / Mona Wu Orr / Catherine E Newman / Pin-Chia Hsu / Firdaus Samsudin / Andrzej Szewczak-Harris / Leana M Ramos / Mekdes Debela / Syma Khalid / Gisela Storz / Ben F Luisi /
要旨: The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic ...The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic substrates of that transporter. It is not clear how the physical association of the two proteins selectively changes activity of the pump for defined substrates. Here, we report cryo-EM structures of AcrB and the AcrBZ complex in lipid environments, and comparisons suggest that conformational changes occur in the drug-binding pocket as a result of AcrZ binding. Simulations indicate that cardiolipin preferentially interacts with the AcrBZ complex, due to increased contact surface, and we observe that chloramphenicol sensitivity of bacteria lacking AcrZ is exacerbated when combined with cardiolipin deficiency. Taken together, the data suggest that AcrZ and lipid cooperate to allosterically modulate AcrB activity. This mode of regulation by a small protein and lipid may occur for other membrane proteins.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10183
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPin
E: DARPin
F: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
G: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
H: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,5448
ポリマ－393,5448
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31010 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area127720 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 113665.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPin /


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / AcrAB-TolC multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Acridine resistance protein Z


分子量: 5304.423 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)
遺伝子: acrZ, SB96558_0924
発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
参照: UniProt: I6DQK7

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodiscCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Multidrug efflux pump subunit AcrBCOMPLEX#11RECOMBINANT
3DARPinCOMPLEX#21RECOMBINANT
4Multidrug efflux pump accessory protein AcrZCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
23synthetic construct (人工物)32630
34Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)766138
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)511145
23Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)511145
34Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)511145
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン(HOCH2)3CNH21
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 26.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1356
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.08CTF補正
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.15モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94507 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00354659
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51699179
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.46923433
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394379
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0038123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る