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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rpk | ||||||
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タイトル | non-expanded bat circovirus with DNA VLP | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / non-expanded bat circovirus with DNA VLP | ||||||
機能・相同性 | Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / Capsid protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bat circovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | ||||||
データ登録者 | Forwood, J.K. / Luque, D. / Mata, C.P. / Das, S. / Raidal, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: non-expanded bat circovirus with DNA VLP 著者: Forwood, J.K. / Luque, D. / Mata, C.P. / Das, S. / Raidal, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rpk.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rpk.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rpk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rpk_validation.pdf.gz | 936.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rpk_full_validation.pdf.gz | 936.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6rpk_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rpk_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rpk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23749.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bat circovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G6IPQ0, UniProt: R4L4W6*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bat circovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.42 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bat circovirus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
ウイルス殻 | 直径: 200 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 524 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 195079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56911 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 97 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL |