PDB-5j36: Crystal structure of 60-mer BFDV Capsid Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j36

タイトル

Crystal structure of 60-mer BFDV Capsid Protein

要素

Beak and feather disease virus capsid protein

キーワード

VIRUS / BFDV Virus Capsid Jelly Roll

機能・相同性

機能・相同性情報

viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Beak and feather disease virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Sarker, S. / Raidal, S. / Aragao, D. / Forwood, J.K.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the assembly and regulation of distinct viral capsid complexes.
著者: Subir Sarker / María C Terrón / Yogesh Khandokar / David Aragão / Joshua M Hardy / Mazdak Radjainia / Manuel Jiménez-Zaragoza / Pedro J de Pablo / Fasséli Coulibaly / Daniel Luque / ...
要旨: The assembly and regulation of viral capsid proteins into highly ordered macromolecular complexes is essential for viral replication. Here, we utilize crystal structures of the capsid protein from ...

履歴

登録	2016年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j36.cif.gz	397.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j36.ent.gz	330.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j36_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j36_full_validation.pdf.gz	472 KB	表示
XML形式データ	5j36_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	5j36_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8306C 5j09C 5j37C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rpo-1 8306 5j37-1 5zbo-d 6rpk-1 3r0r-2 6e2r-d 5zju-d 6935 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Beak and feather disease virus capsid protein

A: Beak and feather disease virus capsid protein

B: Beak and feather disease virus capsid protein

C: Beak and feather disease virus capsid protein

D: Beak and feather disease virus capsid protein

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Beak and feather disease virus capsid protein

A: Beak and feather disease virus capsid protein

B: Beak and feather disease virus capsid protein

C: Beak and feather disease virus capsid protein

D: Beak and feather disease virus capsid protein

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.82 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	28_544	x,-y-1/2,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	30_544	z,-x-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	51_454	-x-1/2,y,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	58_454	-y-1/2,z,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	74_445	-x-1/2,-y-1/2,z	1
crystal symmetry operation	79_445	-z-1/2,-x-1/2,y	1
crystal symmetry operation	84_445	-y-1/2,-z-1/2,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	377.310, 377.310, 377.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

#1: タンパク質	Beak and feather disease virus capsid protein 分子量: 30237.316 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Beak and feather disease virus (ウイルス) 遺伝子: Cap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023R6W2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M Na/k hydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→35 Å / Num. obs: 74754 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 7.3

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.10pre_2104: ???) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: J509

解像度: 2.55→34.444 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2162	3730	5 %
R_work	0.1912	-	-
obs	0.1925	74633	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→34.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8310	0	25	327	8662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.561	11635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.506	5060
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5501-2.5824	0.2931	147	0.258	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5824-2.6163	0.2958	136	0.2547	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6163-2.6522	0.2644	152	0.2464	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6522-2.69	0.2817	141	0.2562	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.7302	0.2908	140	0.2435	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7302-2.7728	0.2665	153	0.2325	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7728-2.8182	0.2566	148	0.2404	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8182-2.8668	0.2566	111	0.2323	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8668-2.9189	0.2731	132	0.2285	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9189-2.975	0.2298	117	0.2141	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.0357	0.2745	120	0.2167	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0357-3.1017	0.282	111	0.2298	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1017-3.1738	0.2686	139	0.2282	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1738-3.2531	0.2438	167	0.2115	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2531-3.341	0.2684	157	0.2048	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.341-3.4392	0.254	127	0.2105	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4392-3.5501	0.2501	157	0.1992	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5501-3.6769	0.2371	129	0.1903	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6769-3.8239	0.2105	136	0.1894	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8239-3.9977	0.1895	136	0.1661	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9977-4.2081	0.1536	139	0.1538	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2081-4.4712	0.1427	152	0.1334	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4712-4.8156	0.1467	152	0.1301	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8156-5.2987	0.1625	127	0.1342	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2987-6.0618	0.166	118	0.1724	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0618-7.6236	0.2113	140	0.199	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6236-34.4467	0.2131	146	0.2119	2920	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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