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- PDB-6rm3: Evolutionary compaction and adaptation visualized by the structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rm3
タイトルEvolutionary compaction and adaptation visualized by the structure of the dormant microsporidian ribosome
要素
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • MDF1
  • MDF2
  • RACK1
  • eL13
  • eL14
  • eL15
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL27
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL36
  • eL37
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL43
  • eL6
  • eL8
  • eS1
  • eS10
  • eS12
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS31
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • msL1
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL16
  • uL18
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL24
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / Microsporidia / Intracellular Parasite
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Vairimorpha necatrix (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Barandun, J. / Hunziker, M. / Vossbrinck, C.R. / Klinge, S.
資金援助 米国, スイス, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM123459 米国
Swiss National Science Foundation155515 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Evolutionary compaction and adaptation visualized by the structure of the dormant microsporidian ribosome.
著者: Jonas Barandun / Mirjam Hunziker / Charles R Vossbrinck / Sebastian Klinge /
要旨: Microsporidia are eukaryotic parasites that infect essentially all animal species, including many of agricultural importance, and are significant opportunistic parasites of humans. They are ...Microsporidia are eukaryotic parasites that infect essentially all animal species, including many of agricultural importance, and are significant opportunistic parasites of humans. They are characterized by having a specialized infection apparatus, an obligate intracellular lifestyle, rudimentary mitochondria and the smallest known eukaryotic genomes. Extreme genome compaction led to minimal gene sizes affecting even conserved ancient complexes such as the ribosome. In the present study, the cryo-electron microscopy structure of the ribosome from the microsporidium Vairimorpha necatrix is presented, which illustrates how genome compaction has resulted in the smallest known eukaryotic cytoplasmic ribosome. Selection pressure led to the loss of two ribosomal proteins and removal of essentially all eukaryote-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, reducing the rRNA to a functionally conserved core. The structure highlights how one microsporidia-specific and several repurposed existing ribosomal proteins compensate for the extensive rRNA reduction. The microsporidian ribosome is kept in an inactive state by two previously uncharacterized dormancy factors that specifically target the functionally important E-site, P-site and polypeptide exit tunnel. The present study illustrates the distinct effects of evolutionary pressure on RNA and protein-coding genes, provides a mechanism for ribosome inhibition and can serve as a structural basis for the development of inhibitors against microsporidian parasites.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4935
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S60: 16S rRNA
L70: 5S rRNA
LA0: uL2
SA0: uS2
LAA: uL15
SAA: eS26
LB0: uL3
SB0: eS1
LBB: eL29
SBB: eS27
LC0: uL4
SC0: uS5
LCC: eL30
SCC: eS28
LD0: uL18
SD0: uS3
LDD: eL31
SDD: uS14
LE0: eL6
SE0: eS4
LEE: eL32
SEE: eS30
LF0: uL30
SF0: uS7
LFF: eL33
SFF: eS31
LG0: eL8
SG0: eS6
LGG: eL34
SGG: RACK1
LH0: uL6
SH0: eS7
LHH: uL29
LI0: uL16
SI0: eS8
LII: eL36
LJ0: uL5
SJ0: uS4
LJJ: eL37
LL0: eL13
SL0: uS17
LLL: eL39
LM0: eL14
LMM: eL40
SM0: eS12
LN0: eL15
SN0: uS15
LNN: MDF2
SNN: MDF1
LO0: uL13
SO0: uS11
LOO: eL42
LP0: uL22
SP0: uS19
LPP: eL43
LQ0: eL18
SQ0: uS9
LR0: eL19
SR0: eS17
LS0: eL20
SS0: uS13
LT0: eL21
ST0: eS19
LU0: eL22
SU0: uS10
LV0: uL14
SV0: eS21
LW0: eL24
SW0: uS8
LX0: uL23
SX0: uS12
LXX: msL1
LY0: uL24
SY0: eS24
LZ0: eL27
SZ0: eS25
SK0: eS10
L50: 23S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,572,746261
ポリマ－2,567,92878
非ポリマー4,818183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 S60L70L50

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 401303.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38379.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#78: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 799487.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)

+
タンパク質 , 75種, 75分子 LA0SA0LAASAALB0SB0LBBSBBLC0SC0LCCSCCLD0SD0LDDSDDLE0SE0LEESEELF0SF0LFFSFFLG0SG0LGGSGGLH0SH0...

#3: タンパク質 uL2


分子量: 26019.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#4: タンパク質 uS2


分子量: 29692.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#5: タンパク質 uL15


分子量: 17300.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#6: タンパク質 eS26


分子量: 12113.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#7: タンパク質 uL3


分子量: 43234.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#8: タンパク質 eS1


分子量: 26982.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#9: タンパク質 eL29


分子量: 6374.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#10: タンパク質 eS27


分子量: 10610.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#11: タンパク質 uL4


分子量: 37979.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#12: タンパク質 uS5


分子量: 25904.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#13: タンパク質 eL30


分子量: 11874.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#14: タンパク質 eS28


分子量: 7639.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#15: タンパク質 uL18


分子量: 34483.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#16: タンパク質 uS3


分子量: 23717.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#17: タンパク質 eL31


分子量: 12757.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#18: タンパク質 uS14


分子量: 7877.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#19: タンパク質 eL6


分子量: 20199.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#20: タンパク質 eS4


分子量: 29931.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#21: タンパク質 eL32


分子量: 16177.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#22: タンパク質 eS30


分子量: 6917.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#23: タンパク質 uL30


分子量: 27664.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#24: タンパク質 uS7


分子量: 20970.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#25: タンパク質 eL33


分子量: 11214.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#26: タンパク質 eS31


分子量: 17086.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#27: タンパク質 eL8


分子量: 23081.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#28: タンパク質 eS6


分子量: 24946.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#29: タンパク質 eL34


分子量: 12299.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#30: タンパク質 RACK1


分子量: 36890.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#31: タンパク質 uL6


分子量: 21038.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#32: タンパク質 eS7


分子量: 18695.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#33: タンパク質 uL29


分子量: 14798.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#34: タンパク質 uL16


分子量: 24989.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#35: タンパク質 eS8


分子量: 18885.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#36: タンパク質 eL36


分子量: 11134.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#37: タンパク質 uL5


分子量: 19628.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#38: タンパク質 uS4


分子量: 21724.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#39: タンパク質 eL37


分子量: 10699.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#40: タンパク質 eL13


分子量: 18980.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#41: タンパク質 uS17


分子量: 18230.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#42: タンパク質 eL39


分子量: 6462.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#43: タンパク質 eL14


分子量: 11991.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#44: タンパク質 eL40


分子量: 14239.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#45: タンパク質 eS12


分子量: 14731.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#46: タンパク質 eL15


分子量: 24032.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#47: タンパク質 uS15


分子量: 17069.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#48: タンパク質 MDF2


分子量: 19306.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#49: タンパク質 MDF1


分子量: 19264.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#50: タンパク質 uL13


分子量: 22335.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#51: タンパク質 uS11


分子量: 14468.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#52: タンパク質 eL42


分子量: 12015.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#53: タンパク質 uL22


分子量: 19434.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#54: タンパク質 uS19


分子量: 16041.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#55: タンパク質 eL43


分子量: 9826.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#56: タンパク質 eL18


分子量: 21878.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#57: タンパク質 uS9


分子量: 17545.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#58: タンパク質 eL19


分子量: 20385.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#59: タンパク質 eS17


分子量: 13964.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#60: タンパク質 eL20


分子量: 20986.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#61: タンパク質 uS13


分子量: 18051.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#62: タンパク質 eL21


分子量: 18675.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#63: タンパク質 eS19


分子量: 15276.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#64: タンパク質 eL22


分子量: 12327.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#65: タンパク質 uS10


分子量: 11507.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#66: タンパク質 uL14


分子量: 16046.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#67: タンパク質 eS21


分子量: 7575.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#68: タンパク質 eL24


分子量: 10363.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#69: タンパク質 uS8


分子量: 14515.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#70: タンパク質 uL23


分子量: 11569.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#71: タンパク質 uS12


分子量: 15494.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#72: タンパク質 msL1


分子量: 8746.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#73: タンパク質 uL24


分子量: 16133.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#74: タンパク質 eS24


分子量: 15526.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#75: タンパク質 eL27


分子量: 14489.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#76: タンパク質 eS25


分子量: 13935.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)
#77: タンパク質 eS10


分子量: 11795.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vairimorpha necatrix (菌類)

-
非ポリマー , 2種, 183分子

#79: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#80: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Microsporidian Ribosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#78 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
130 mMTris-HCL1
25 mMMgOAc1
325 mMKCl1
41 mMDTT1
51 mMEDTA1
試料濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 50 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 4000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 5.55 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3284
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4RELION3CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 471121
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185445 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4V88

4v88


Accession code: 4V88 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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