+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r8n | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE DETERMINATION OF THE TETRAHEDRAL AMINOPEPTIDASE TET2 FROM P. HORIKOSHII BY USE OF COMBINED SOLID-STATE NMR, SOLUTION-STATE NMR AND EM DATA 4.1 A, FOLLOWED BY REAL_SPACE_REFINEMENT AT 4.1 A | |||||||||||||||||||||
要素 | Tetrahedral aminopeptidase | |||||||||||||||||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDASE / PROTEIN QUALITY CONTROL / OLIGOMER / AMINOPEPTIDASE | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 溶液NMR / 単粒子再構成法 / simulated annealing / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Colletier, J.-P. / Gauto, D. / Estrozi, L. / Favier, A. / Effantin, G. / Schoehn, G. / Boisbouvier, J. / Schanda, P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Integrated NMR and cryo-EM atomic-resolution structure determination of a half-megadalton enzyme complex. 著者: Diego F Gauto / Leandro F Estrozi / Charles D Schwieters / Gregory Effantin / Pavel Macek / Remy Sounier / Astrid C Sivertsen / Elena Schmidt / Rime Kerfah / Guillaume Mas / Jacques-Philippe ...著者: Diego F Gauto / Leandro F Estrozi / Charles D Schwieters / Gregory Effantin / Pavel Macek / Remy Sounier / Astrid C Sivertsen / Elena Schmidt / Rime Kerfah / Guillaume Mas / Jacques-Philippe Colletier / Peter Güntert / Adrien Favier / Guy Schoehn / Paul Schanda / Jerome Boisbouvier / 要旨: Atomic-resolution structure determination is crucial for understanding protein function. Cryo-EM and NMR spectroscopy both provide structural information, but currently cryo-EM does not routinely ...Atomic-resolution structure determination is crucial for understanding protein function. Cryo-EM and NMR spectroscopy both provide structural information, but currently cryo-EM does not routinely give access to atomic-level structural data, and, generally, NMR structure determination is restricted to small (<30 kDa) proteins. We introduce an integrated structure determination approach that simultaneously uses NMR and EM data to overcome the limits of each of these methods. The approach enables structure determination of the 468 kDa large dodecameric aminopeptidase TET2 to a precision and accuracy below 1 Å by combining secondary-structure information obtained from near-complete magic-angle-spinning NMR assignments of the 39 kDa-large subunits, distance restraints from backbone amides and ILV methyl groups, and a 4.1 Å resolution EM map. The resulting structure exceeds current standards of NMR and EM structure determination in terms of molecular weight and precision. Importantly, the approach is successful even in cases where only medium-resolution cryo-EM data are available. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r8n.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6r8n.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r8n_validation.pdf.gz | 477 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6r8n_full_validation.pdf.gz | 553.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r8n_validation.xml.gz | 83.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r8n_validation.cif.gz | 98.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4179MC 6f3kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39071.027 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) 遺伝子: frvX, PH1527 Variant: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O59196, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験 |
|
-試料調製
構成要素 | 名称: TETRAHEDRAL AMINOPEPTIDASE TET2 / タイプ: COMPLEX 詳細: The structure was built using combined SOLID-STATE NMR, SOLUTION-STATE NMR AND EM DATA, and then refined using phenix.real_space_refine Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blotting time 2s, force 1, drain time 0. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 |
|
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 | ||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 20000 X / 倍率(補正後): 27773 X / Calibrated defocus min: 8000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 30000 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: COMA FREE | ||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER | ||||||||||||||||||||
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 90 | ||||||||||||||||||||
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 30407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: T (正4面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27130 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |