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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pv7 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex with nicotine | |||||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Ligand-gated ion channel / Nicotinic acetylcholine receptor / Cys-loop receptor | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse ...regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / regulation of neurotransmitter secretion / behavioral response to nicotine / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / nervous system process / acetylcholine receptor signaling pathway / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neurotransmitter receptor activity / regulation of dendrite morphogenesis / plasma membrane raft / membrane depolarization / tertiary granule membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / smooth muscle contraction / neuronal action potential / specific granule membrane / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / excitatory postsynaptic potential / locomotory behavior / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / postsynaptic density / nuclear speck / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / heme binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Gharpure, A. / Teng, J. / Zhuang, Y. / Noviello, C.M. / Walsh, R.M. / Cabuco, R. / Howard, R.J. / Zaveri, N.T. / Lindahl, E. / Hibbs, R.E. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Agonist Selectivity and Ion Permeation in the α3β4 Ganglionic Nicotinic Receptor. 著者: Anant Gharpure / Jinfeng Teng / Yuxuan Zhuang / Colleen M Noviello / Richard M Walsh / Rico Cabuco / Rebecca J Howard / Nurulain T Zaveri / Erik Lindahl / Ryan E Hibbs / ![]() ![]() 要旨: Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and ...Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and peripheral nervous systems in the autonomic ganglia. This receptor is also expressed focally in brain areas that affect reward circuits and addiction. Here, we present structures of the α3β4 nicotinic receptor in lipidic and detergent environments, using functional reconstitution to define lipids appropriate for structural analysis. The structures of the receptor in complex with nicotine, as well as the α3β4-selective ligand AT-1001, complemented by molecular dynamics, suggest principles of agonist selectivity. The structures further reveal much of the architecture of the intracellular domain, where mutagenesis experiments and simulations define residues governing ion conductance. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 464.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 373.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 113 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit ... , 2種, 5分子 ADBCE
#1: タンパク質 | 分子量: 60087.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CHRNA3, NACHRA3, CWJ32_12820 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 61337.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CHRNB4, CWJ32_12820 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 FHGI
#3: 抗体 | 分子量: 23396.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 23401.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 4種, 16分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 22分子 ![](data/chem/img/NCT.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-Y01 / #10: 化合物 | ChemComp-NA / | #12: 化合物 | ChemComp-DD9 / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 second blot |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 46730 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 5053 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 705401 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112737 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |