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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6opn | |||||||||
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タイトル | CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP in complex with small molecule GO35 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() helper T cell enhancement of adaptive immune response / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ozorowski, G. / Torres, J.L. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Strain-Specific Inhibitor of Receptor-Bound HIV-1 Targets a Pocket near the Fusion Peptide. 著者: Gabriel Ozorowski / Jonathan L Torres / Diogo Santos-Martins / Stefano Forli / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Disruption of viral fusion represents a viable, albeit under-explored, target for HIV therapeutics. Here, while studying the receptor-bound envelope glycoprotein conformation by cryoelectron ...Disruption of viral fusion represents a viable, albeit under-explored, target for HIV therapeutics. Here, while studying the receptor-bound envelope glycoprotein conformation by cryoelectron microscopy (cryo-EM), we identify a pocket near the base of the trimer containing a bound detergent molecule and perform in silico drug screening by using a library of drug-like and commercially available molecules. After down-selection, we solve cryo-EM structures that validate the binding of two small molecule hits in very similar manners to the predicted binding poses, including interactions with aromatic residues within the fusion peptide. One of the molecules demonstrates low micromolar inhibition of the autologous virus by using a very rare phenylalanine in the fusion peptide and stabilizing the surrounding region. This work demonstrates that small molecules can target the fusion process, providing an additional target for anti-HIV therapeutics, and highlights the need to explore how fusion peptide sequence variations affect receptor-mediated conformational states across diverse HIV strains. #1: ![]() タイトル: A strain-specific inhibitor of receptor-bound HIV-1 targets a pocket near the fusion peptide and offers a template for drug design 著者: Ozorowski, G. / Torres, J.L. / Santos-Martins, D. / Forli, S. / Ward, A.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 303.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 ADGBEH
#1: タンパク質 | 分子量: 58872.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17357.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: B41 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 CFI![](data/chem/img/N07.gif)
![](data/chem/img/N07.gif)
#3: タンパク質 | 分子量: 23039.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #7: 化合物 | |
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-糖 , 3種, 33分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | ![]() #5: 多糖 | ![]() #6: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Detergent (LMNG) added shortly (<5 minutes) prior to grid freezing using an 8X concentrated stock. | |||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: Complex of CD4- and 17b-bound B41 SOSIP was SEC purified and GO35 was diluted 1:100 into the complex and incubated for 1 hr prior to grid freezing. | |||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | |||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1285 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30415 詳細: FSC resolution estimation calculated using CryoSparc 2 and Relion 3.0 クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VN3 |