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- PDB-6o4j: Amyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o4j
タイトルAmyloid Beta KLVFFAENVGS 16-26 D23N Iowa mutation
要素Amyloid-beta precursor protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport ...amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / presynaptic active zone / signaling receptor activator activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / cholesterol metabolic process / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / platelet alpha granule lumen / learning / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / neuron cellular homeostasis / endocytosis / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / cellular response to amyloid-beta / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle / Platelet degranulation / cell-cell junction
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Griner, S.L. / Sawaya, M.R. / Rodriguez, J.A. / Cascio, D. / Gonen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01 AG029430 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure-based inhibitors of amyloid beta core suggest a common interface with tau.
著者: Sarah L Griner / Paul Seidler / Jeannette Bowler / Kevin A Murray / Tianxiao Peter Yang / Shruti Sahay / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Stephan Philipp / Justyna Sosna ...著者: Sarah L Griner / Paul Seidler / Jeannette Bowler / Kevin A Murray / Tianxiao Peter Yang / Shruti Sahay / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Stephan Philipp / Justyna Sosna / Charles G Glabe / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: Alzheimer's disease (AD) pathology is characterized by plaques of amyloid beta (Aβ) and neurofibrillary tangles of tau. Aβ aggregation is thought to occur at early stages of the disease, and ...Alzheimer's disease (AD) pathology is characterized by plaques of amyloid beta (Aβ) and neurofibrillary tangles of tau. Aβ aggregation is thought to occur at early stages of the disease, and ultimately gives way to the formation of tau tangles which track with cognitive decline in humans. Here, we report the crystal structure of an Aβ core segment determined by MicroED and in it, note characteristics of both fibrillar and oligomeric structure. Using this structure, we designed peptide-based inhibitors that reduce Aβ aggregation and toxicity of already-aggregated species. Unexpectedly, we also found that these inhibitors reduce the efficiency of Aβ-mediated tau aggregation, and moreover reduce aggregation and self-seeding of tau fibrils. The ability of these inhibitors to interfere with both Aβ and tau seeds suggests these fibrils share a common epitope, and supports the hypothesis that cross-seeding is one mechanism by which amyloid is linked to tau aggregation and could promote cognitive decline.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4712
ポリマ－2,4712
非ポリマー00
水00
1
A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,82512
ポリマ－14,82512
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)11.670, 51.910, 12.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ACE / Beg label comp-ID: ACE / End auth comp-ID: NH2 / End label comp-ID: NH2 / Auth seq-ID: 15 - 27 / Label seq-ID: 1 - 13

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid-beta precursor protein / APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 ...APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 1235.432 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 687-697 / 変異: D23N / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Fibrils of Amyloid Beta segment 16-26 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
EM crystal formation装置: microcentrifuge tube / Atmosphere: air / 温度: 310 K / Time: 4 DAY
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1200 mMmagnesium formateMgCl21
210 %DMSOC2H6OS1
3100 mMTris BaseC4H11NO31
415 %isopropanolC3H8O1
試料濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: nanocrystals
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 1.43 Å3/Da
結晶化手法: unspecified

-
データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 0.03 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 1331
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1840 mm
EM回折 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / フーリエ空間範囲: 78 % / 多重度: 12.1 / 構造因子数: 163 / 位相残差: 0.01 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 85.4 % / 再高解像度: 1.4 Å / 測定した強度の数: 47598 / 構造因子数: 2355 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 0.01 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.24 / Rsym: 0.24
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / 波長: 1 Å
検出器日付: 2014年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→11.64 Å / Num. obs: 2355 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 20.211 % / Biso Wilson estimate: 7.23 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rrim(I) all: 0.246 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 9.06 / Num. measured all: 47598 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.4412.0610.6522.8819662091630.6970.68278
1.44-1.4815.6270.5764.0426412031690.6710.59683.3
1.48-1.5216.3330.4894.8724991691530.7880.50390.5
1.52-1.5719.750.3966.4532391891640.9230.40686.8
1.57-1.6223.0360.4716.4938931941690.930.48187.1
1.62-1.6823.5910.4686.8136331891540.8820.47981.5
1.68-1.7419.2360.3946.8424431441270.8990.40488.2
1.74-1.8124.1470.3738.4134531591430.9560.3889.9
1.81-1.8921.8330.3258.931441701440.9840.33284.7
1.89-1.9821.2880.26211.6626611501250.9870.26983.3
1.98-2.0921.5080.27711.4325811351200.9870.28488.9
2.09-2.22220.25712.8326401381200.9770.26287
2.22-2.3720.9910.26911.6723091291100.9610.27685.3
2.37-2.5622.6250.21713.4423531211040.9930.22186
2.56-2.820.3680.21712.621772102870.9860.22385.3
2.8-3.1322.6160.21714.751945105860.9830.22181.9
3.13-3.6220.7290.17915.48145175700.9940.18393.3
3.62-4.4322.4380.15717.46163890730.9950.1681.1
4.43-6.2720.490.16316.61100457490.9980.16786
6.27-11.6413.320.29811.4433329250.9870.30886.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
6Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 114.18 ° / ∠γ: 90 ° / A: 11.67 Å / B: 51.91 Å / C: 12.76 Å / 空間群名: p21 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.402 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood
原子モデル構築PDB-ID: 2Y2A

2y2a


Accession code: 2Y2A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Y2A

2y2a


解像度: 1.402→11.64 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 32.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 236 10.03 %
Rwork0.2368 --
obs0.2419 2354 86.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 23.08 Å2 / Biso mean: 9.4646 Å2 / Biso min: 1.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.402→11.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数178 0 0 0 178
残基数----26
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.014180
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.458240
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.06726
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.00632
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d15.77660
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A80ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY24.96TORSIONAL
12B80ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY24.96TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4017-1.7650.33341150.28021038115386
1.765-11.64090.26231210.21871080120187

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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