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- PDB-5n74: Microtubule end binding protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n74
タイトルMicrotubule end binding protein complex
要素
  • Karyogamy protein KAR9
  • Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
キーワードmicrotubule binding protein / Microtubule end binding protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle orientation checkpoint signaling / protein localization to astral microtubule / protein localization to mitotic spindle / cortical microtubule cytoskeleton / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / karyogamy / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / mitotic spindle microtubule ...mitotic spindle orientation checkpoint signaling / protein localization to astral microtubule / protein localization to mitotic spindle / cortical microtubule cytoskeleton / mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / karyogamy / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / mitotic spindle microtubule / cell projection membrane / establishment of spindle localization / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mating projection tip / microtubule bundle formation / non-motile cilium assembly / microtubule plus-end binding / spindle pole body / protein localization to centrosome / negative regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle pole / spindle midzone / microtubule organizing center / microtubule polymerization / establishment of mitotic spindle orientation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / positive regulation of microtubule polymerization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / AURKA Activation by TPX2 / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / intracellular protein localization / cell migration / cell cortex / microtubule / ciliary basal body / cadherin binding / cell division / focal adhesion / centrosome / Golgi apparatus / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Karyogamy protein, KAR9 / Yeast cortical protein KAR9 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain ...Karyogamy protein, KAR9 / Yeast cortical protein KAR9 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein RP/EB family member 1 / Karyogamy protein KAR9 / Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kumar, A. / Steinmetz, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Short Linear Sequence Motif LxxPTPh Targets Diverse Proteins to Growing Microtubule Ends.
著者: Kumar, A. / Manatschal, C. / Rai, A. / Grigoriev, I. / Degen, M.S. / Jaussi, R. / Kretzschmar, I. / Prota, A.E. / Volkmer, R. / Kammerer, R.A. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2017年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
B: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
C: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
D: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
E: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
F: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
G: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
H: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
I: Karyogamy protein KAR9
J: Karyogamy protein KAR9
K: Karyogamy protein KAR9
L: Karyogamy protein KAR9
M: Karyogamy protein KAR9
N: Karyogamy protein KAR9
O: Karyogamy protein KAR9
P: Karyogamy protein KAR9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,70016
ポリマ－73,70016
非ポリマー00
水2,054114
1
A: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
B: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
I: Karyogamy protein KAR9
J: Karyogamy protein KAR9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4254
ポリマ－18,4254
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
2
C: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
D: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
K: Karyogamy protein KAR9
L: Karyogamy protein KAR9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4254
ポリマ－18,4254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
3
E: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
F: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
M: Karyogamy protein KAR9
N: Karyogamy protein KAR9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4254
ポリマ－18,4254
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
4
G: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
H: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1
O: Karyogamy protein KAR9
P: Karyogamy protein KAR9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4254
ポリマ－18,4254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.350, 183.272, 42.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated protein RP/EB family member 1 / APC-binding protein EB1 / End-binding protein 1 / EB1


分子量: 6817.661 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPRE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15691, UniProt: H0XPX6*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Karyogamy protein KAR9 / Cortical protein KAR9


分子量: 2394.800 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: KAR9, YPL269W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32526
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Chains A-H and I-P are covalently linked in the protein construct used. The absence of electron ...Chains A-H and I-P are covalently linked in the protein construct used. The absence of electron density connecting these chains do not enable us to make the exact links with full confidence.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100 mM PCTP buffer, pH 4, supplemented with 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.82 Å / Num. obs: 52463 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Num. measured obs: 28695 / Num. unique obs: 8301 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.501 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GJO

3gjo


解像度: 2.3→45.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 21.278 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27059 1324 5 %RANDOM
Rwork0.23039 ---
obs0.23237 25149 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å2-0.21 Å2
2---2.25 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4333 0 0 114 4447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.0085904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.924310066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3995512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05225.128234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53115839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6971541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6292.3042096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6292.3042095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1283.4492592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1273.4492593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4972.3512277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4972.3512278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8963.5083313
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.05342.05915959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.98342.08315888
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 99 -
Rwork0.303 1875 -
obs--96.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.664-0.6045-0.35436.14620.68851.36860.09150.12320.1681-0.74260.09370.03060.114-0.2775-0.18530.1589-0.0053-0.05550.2033-0.03470.0825-8.943947.3958-4.6328
22.1675-2.00160.291310.3851-2.943.19440.09360.02050.12690.02550.0383-0.1972-0.27140.1271-0.13190.1654-0.0645-0.01480.221-0.04070.0706-4.853748.5648-3.0682
32.97881.6711-1.82727.8466-4.67166.283-0.09650.14160.1555-0.22790.29610.28120.123-0.3206-0.19960.0854-0.0028-0.10630.2781-0.01730.1354-21.59237.3425-19.3602
42.5266-0.78960.8574.8006-3.7156.6778-0.02480.04940.1340.2881-0.0054-0.1315-0.34260.10340.03010.0544-0.0395-0.04180.2394-0.0620.1094-17.604238.3103-17.4115
51.59490.43810.362312.00523.53453.3477-0.0617-0.02410.0769-0.0297-0.0341-0.00080.2472-0.04640.09580.0469-0.03060.05790.28760.02050.2673-9.00041.8723-31.4049
63.14420.4606-0.0398.07053.36137.3158-0.015-0.0539-0.0342-0.30960.1998-0.66780.06760.2599-0.18480.0194-0.00680.04220.22060.08270.39-5.40240.813-28.4704
71.4151-0.2180.85736.74123.19756.09120.01180.2097-0.4604-0.57-0.09570.0510.7615-0.07860.0840.342-0.11660.06890.4065-0.09510.4212-26.69341.5096-31.5883
81.9197-2.0651-0.33293.68041.5786.10540.03130.4444-0.4536-0.068-0.33820.64230.9287-0.50030.30680.2198-0.1039-0.00570.4818-0.07640.328-29.85972.3171-34.2366
90.45861.2103-0.525712.0042-1.17270.6366-0.0450.1443-0.0535-0.4272-0.0732-0.5145-0.0269-0.20410.11820.3671-0.0124-0.00790.36610.00110.35141.661449.7329-8.6958
102.5507-2.2735-1.30167.3833-1.09876.58730.4425-0.06540.6747-0.1290.07220.8319-0.47620.0765-0.51470.41670.00660.08470.47480.02520.6276-16.83352.8594-3.2119
114.00972.30790.09218.8537-5.015515.00460.0309-0.18830.37860.56020.60120.3748-1.0636-0.42-0.63210.18360.0646-0.06420.3147-0.0070.2856-28.249443.9098-20.6776
1213.24582.7658-5.64892.84642.75099.2922-0.43370.27820.0609-0.58060.17830.1708-0.51840.15420.25550.4349-0.0146-0.07740.4454-0.00270.4034-8.614736.889-21.089
134.0031-1.4349-0.94979.50354.47552.2045-0.01820.0462-0.040.4865-0.19660.45140.4061-0.07340.21470.45520.01010.00410.32020.05920.3696-4.8877-8.1704-23.9857
145.66311.12961.728414.476810.77058.45950.24680.452-0.1017-1.3663-0.0242-0.5527-0.56420.0842-0.22260.714-0.00290.19670.4120.0880.4216-9.08622.4274-41.4826
1510.00950.9849-1.519412.75611.936111.2851-0.09840.2816-0.6175-1.17270.54310.18790.04260.9219-0.44460.3839-0.051-0.11160.63680.02450.2743-32.569610.1123-40.5115
164.4153-2.9550.46672.0232-0.28390.10360.49780.1761-0.3787-0.3187-0.32560.2580.1238-0.1507-0.17220.7941-0.22010.2110.9950.03990.8698-26.5272-7.226-26.7269
170.51680.08490.05370.64380.18170.2361-0.0483-0.0591-0.10820.11120.0276-0.0991-0.0558-0.04770.02070.1885-0.0314-0.04760.4145-0.00340.3148-15.419726.9568-16.0084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A194 - 234
2X-RAY DIFFRACTION1A235 - 248
3X-RAY DIFFRACTION2B193 - 230
4X-RAY DIFFRACTION2B231 - 248
5X-RAY DIFFRACTION3C194 - 230
6X-RAY DIFFRACTION3C231 - 248
7X-RAY DIFFRACTION4D194 - 231
8X-RAY DIFFRACTION4D232 - 248
9X-RAY DIFFRACTION5E195 - 230
10X-RAY DIFFRACTION5E231 - 248
11X-RAY DIFFRACTION6F196 - 230
12X-RAY DIFFRACTION6F231 - 248
13X-RAY DIFFRACTION7G194 - 230
14X-RAY DIFFRACTION7G231 - 248
15X-RAY DIFFRACTION8H193 - 231
16X-RAY DIFFRACTION8H232 - 248
17X-RAY DIFFRACTION9I1 - 7
18X-RAY DIFFRACTION10J-1 - 11
19X-RAY DIFFRACTION11K-1 - 10
20X-RAY DIFFRACTION12L0 - 9
21X-RAY DIFFRACTION13M-1 - 10
22X-RAY DIFFRACTION14N-1 - 10
23X-RAY DIFFRACTION15O-4 - 7
24X-RAY DIFFRACTION16P-1 - 9
25X-RAY DIFFRACTION17S1 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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