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- PDB-6nn3: Structure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nn3
タイトルStructure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a human antibody
要素
  • Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain
  • Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain
  • VP2 of B19 parvovirus
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / B19 / VP2 / antibody / epitope / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Rossmann, M.G. / Sun, Y. / Klose, T. / Liu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1515260 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Structure of Parvovirus B19 Decorated by Fabs from a Human Antibody.
著者: Yingyuan Sun / Thomas Klose / Yue Liu / Susanne Modrow / Michael G Rossmann /
要旨: Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong ...Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong tropism to erythroid progenitor cells and is able to cause a series of medical conditions, including fifth disease, arthritis, myocarditis, hydrops fetalis, and aplastic crisis. No approved vaccine is currently available for B19, and there is a lack of structural characterization of any B19 epitopes. Here we present the first cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a B19 virus-like particle (VLP) complexed with the antigen-binding fragment (Fab) of a human neutralizing antibody, 860-55D. A model was built into the 3.2-Å-resolution map, and the antigenic residues on the surface of the B19 capsid were identified. Antibody 860-55D bridges the capsid of B19 by binding to a quaternary structure epitope formed by residues from three neighboring VP2 capsid proteins. Parvovirus B19 is a common human pathogen and a particular threat to children, pregnant women, and patients with sickle cell disease or AIDS. Currently, neutralizing antibody is the most efficient treatment for acute B19 infections. Research on the antigenic properties of B19 will guide the usage of these antibodies and facilitate vaccine development. We have determined and report here the high-resolution structure of B19 virus-like particles (VLPs) complexed with the Fab of a human neutralizing antibody. The structure shows a quaternary structure epitope formed by three VP2 proteins and provides details on host recognition of human B19 virus.
履歴
登録2019年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年2月13日ID: 6MF7
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52020年3月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9110
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9110
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP2 of B19 parvovirus
H: Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain
L: Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9373
ポリマ－84,9373
非ポリマー00
水00
1
A: VP2 of B19 parvovirus
H: Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain
L: Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,096,249180
ポリマ－5,096,249180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP2 of B19 parvovirus
H: Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain
L: Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 425 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,68715
ポリマ－424,68715
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP2 of B19 parvovirus
H: Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain
L: Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 510 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)509,62518
ポリマ－509,62518
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP2 of B19 parvovirus / VP1 protein


分子量: 60946.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q75U93
#2: 抗体 Fab monoclonal antibody 860-55D, heavy chain


分子量: 13095.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab monoclonal antibody 860-55D, light chain


分子量: 10895.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of human parvovirus B19 major capsid protein VP2 with Fab molecules from a human neutralizing antibody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 5.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: B19 VLPs were incubated with purified Fab molecules overnight at 4 degrees.
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1759
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択e2boxer.py
2Leginon画像取得
4CTFFIND3CTF補正
9jspr初期オイラー角割当
10jspr最終オイラー角割当
12jspr３次元再構成
13Cootモデル精密化
画像処理詳細: Motion corrected
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9120
3次元再構成手法: SINGLE PARTICLE / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7395 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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