+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nhv | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Single particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a symmetric scaffold | |||||||||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / protein engineering / symmetric scaffold / small protein cryo-EM / display platform | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) Pyrococcus horikoshii (古細菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Huynh, D. / Yeates, T.O. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: A 3.8 Å resolution cryo-EM structure of a small protein bound to an imaging scaffold. 著者: Yuxi Liu / Duc T Huynh / Todd O Yeates / 要旨: Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this ...Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this powerful structural technique. Here we use a designed protein scaffold to bind and symmetrically display 12 copies of a small 26 kDa protein, green fluorescent protein (GFP). We show that the bound cargo protein is held rigidly enough to visualize it at a resolution of 3.8 Å by cryo-EM, where specific structural features of the protein are visible. The designed scaffold is modular and can be modified through modest changes in its amino acid sequence to bind and display diverse proteins for imaging, thus providing a general method to break through the lower size limitation in cryo-EM. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nhv.cif.gz | 203 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6nhv.ent.gz | 161.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nhv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nhv_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6nhv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nhv_validation.xml.gz | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nhv_validation.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/6nhv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26623.918 Da / 分子数: 1 / 変異: V206A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 14346.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA1966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2D8 #3: タンパク質 | 分子量: 34717.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 2.5 microliter of sample, 0 sec wait, 0 sec drain, 3 sec blot, -15 blot force, grids pre-treated with 0.1% poly-lysine for 6 hours |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1929 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-20 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 963036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91211 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial local fitting by Chimera and individual residues refined using phenix.real_space_refine for the symmetric core and DARPin, rigid body refinement for GFP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
|