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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mzd | |||||||||
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タイトル | Human TFIID Lobe A canonical | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / DNA / Nuclear | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / hepatocyte differentiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / positive regulation of androgen receptor activity / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / C2H2 zinc finger domain binding / male pronucleus / female pronucleus / positive regulation by host of viral transcription / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / limb development / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / nuclear thyroid hormone receptor binding / midbrain development / response to L-glutamate / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of RNA splicing / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / ubiquitin conjugating enzyme activity / aryl hydrocarbon receptor binding / transcription by RNA polymerase III / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / somitogenesis / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / regulation of DNA repair / core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / response to interleukin-1 / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nuclear estrogen receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / promoter-specific chromatin binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / multicellular organism growth / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / protein polyubiquitination / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to UV / p53 binding / actin cytoskeleton / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / kinase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel, A.B. / Louder, R.K. / Greber, B.J. / Grunberg, S. / Luo, J. / Fang, J. / Liu, Y. / Ranish, J. / Hahn, S. / Nogales, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of human TFIID and mechanism of TBP loading onto promoter DNA. 著者: Avinash B Patel / Robert K Louder / Basil J Greber / Sebastian Grünberg / Jie Luo / Jie Fang / Yutong Liu / Jeff Ranish / Steve Hahn / Eva Nogales / 要旨: The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and ...The general transcription factor IID (TFIID) is a critical component of the eukaryotic transcription preinitiation complex (PIC) and is responsible for recognizing the core promoter DNA and initiating PIC assembly. We used cryo-electron microscopy, chemical cross-linking mass spectrometry, and biochemical reconstitution to determine the complete molecular architecture of TFIID and define the conformational landscape of TFIID in the process of TATA box-binding protein (TBP) loading onto promoter DNA. Our structural analysis revealed five structural states of TFIID in the presence of TFIIA and promoter DNA, showing that the initial binding of TFIID to the downstream promoter positions the upstream DNA and facilitates scanning of TBP for a TATA box and the subsequent engagement of the promoter. Our findings provide a mechanistic model for the specific loading of TBP by TFIID onto the promoter. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mzd.cif.gz | 364.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mzd.ent.gz | 218.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mzd_validation.pdf.gz | 874.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6mzd_full_validation.pdf.gz | 886.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mzd_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mzd_validation.cif.gz | 64.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/6mzd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9302MC 9298C 9299C 9300C 9301C 9305C 9306C 6mzcC 6mzlC 6mzmC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 10種, 10分子 ACDFHLNPQS
#1: タンパク質 | 分子量: 213050.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 103769.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWG9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 110221.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00268 |
#4: タンパク質 | 分子量: 85785.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15542 |
#5: タンパク質 | 分子量: 72749.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49848 |
#6: タンパク質 | 分子量: 28830.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16594 |
#7: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12962 |
#8: タンパク質 | 分子量: 23340.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15544 |
#9: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16514 |
#10: タンパク質 | 分子量: 14307.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15543 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 TY
#11: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20226 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 8188.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: General transcription factor IID / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: BT 4s; BF 15N |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3211: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107900 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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