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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6msb | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE / Proteosome | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / meiosis I ...positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / meiosis I / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / proteasome regulatory particle, base subcomplex / regulation of endopeptidase activity / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / negative regulation of programmed cell death / female meiosis I / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / fat pad development / Somitogenesis / K63-linked deubiquitinase activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / immune system process / myofibril / female gonad development / proteasome binding / seminiferous tubule development / regulation of protein catabolic process / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / proteasome storage granule / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / blastocyst development / transcription factor binding / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / ERAD pathway / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Maturation of protein E / inclusion body / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / : / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||
![]() | Mao, Y.D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome. 著者: Yuanchen Dong / Shuwen Zhang / Zhaolong Wu / Xuemei Li / Wei Li Wang / Yanan Zhu / Svetla Stoilova-McPhie / Ying Lu / Daniel Finley / Youdong Mao / ![]() ![]() 要旨: The proteasome is an ATP-dependent, 2.5-megadalton molecular machine that is responsible for selective protein degradation in eukaryotic cells. Here we present cryo-electron microscopy structures of ...The proteasome is an ATP-dependent, 2.5-megadalton molecular machine that is responsible for selective protein degradation in eukaryotic cells. Here we present cryo-electron microscopy structures of the substrate-engaged human proteasome in seven conformational states at 2.8-3.6 Å resolution, captured during breakdown of a polyubiquitylated protein. These structures illuminate a spatiotemporal continuum of dynamic substrate-proteasome interactions from ubiquitin recognition to substrate translocation, during which ATP hydrolysis sequentially navigates through all six ATPases. There are three principal modes of coordinated hydrolysis, featuring hydrolytic events in two oppositely positioned ATPases, in two adjacent ATPases and in one ATPase at a time. These hydrolytic modes regulate deubiquitylation, initiation of translocation and processive unfolding of substrates, respectively. Hydrolysis of ATP powers a hinge-like motion in each ATPase that regulates its substrate interaction. Synchronization of ATP binding, ADP release and ATP hydrolysis in three adjacent ATPases drives rigid-body rotations of substrate-bound ATPases that are propagated unidirectionally in the ATPase ring and unfold the substrate. | ||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 286.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 469.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9216MC ![]() 9215C ![]() 9217C ![]() 9218C ![]() 9219C ![]() 9220C ![]() 9221C ![]() 9222C ![]() 9223C ![]() 9224C ![]() 9225C ![]() 9226C ![]() 9227C ![]() 9228C ![]() 9229C ![]() 6msdC ![]() 6mseC ![]() 6msgC ![]() 6mshC ![]() 6msjC ![]() 6mskC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 13.9 TB Data #1: Drift-corrected frame-averaged super-counting mode micrographs and extracted particles of substrate-engaged human 26S proteasome [micrographs - single frame]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ... , 11種, 11分子 UVWXYZabcdf
#1: タンパク質 | 分子量: 105958.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61066.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 52979.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 47526.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 45592.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 37086.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 42995.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 40781.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 34488.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: O00487, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 39536.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 100313.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 3分子 euw
#11: タンパク質 | 分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 8604.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#13: タンパク質 | 分子量: 48700.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 49260.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 44852.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 47426.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 45867.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 49266.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 GgHhIiJjKkLlMm
#20: タンパク質 | 分子量: 27301.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 25796.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 29394.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 27798.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 26304.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 30150.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #26: タンパク質 | 分子量: 28338.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 NnOoPpQqRrSsTt
#27: タンパク質 | 分子量: 25246.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #28: タンパク質 | 分子量: 29869.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #29: タンパク質 | 分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #30: タンパク質 | 分子量: 22864.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #31: タンパク質 | 分子量: 28379.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #32: タンパク質 | 分子量: 26391.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #33: タンパク質 | 分子量: 29099.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 12分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#34: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#35: 化合物 | ChemComp-ATP / #36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human 26S proteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105157 / 対称性のタイプ: POINT |