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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m5g | |||||||||
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タイトル | F-actin-Utrophin complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / Utrophin / N-terminus actin binding domain / calponin homology / F-actin / F-actin marker protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 synaptic signaling / dystrophin-associated glycoprotein complex / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / Striated Muscle Contraction / vinculin binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / filopodium membrane / muscle organ development / positive regulation of cell-matrix adhesion / skeletal muscle thin filament assembly ...synaptic signaling / dystrophin-associated glycoprotein complex / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / Striated Muscle Contraction / vinculin binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / filopodium membrane / muscle organ development / positive regulation of cell-matrix adhesion / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / filopodium / muscle contraction / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / neuromuscular junction / sarcolemma / integrin binding / actin binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / hydrolase activity / protein kinase binding / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumari, A. / Ragunath, V.K. / Sirajuddin, M. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2020 タイトル: Structural insights into actin filament recognition by commonly used cellular actin markers. 著者: Archana Kumari / Shubham Kesarwani / Manjunath G Javoor / Kutti R Vinothkumar / Minhajuddin Sirajuddin / 要旨: Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely ...Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely based on availability and ease, there is a severe dearth of structural data for an informed judgment in employing suitable F-actin markers for a particular requirement. Here, we describe the electron cryomicroscopy structures of phalloidin, lifeAct, and utrophin bound to F-actin, providing a comprehensive high-resolution structural comparison of widely used actin markers and their influence towards F-actin. Our results show that phalloidin binding does not induce specific conformational change and lifeAct specifically recognizes closed D-loop conformation, i.e., ADP-Pi or ADP states of F-actin. The structural models aided designing of minimal utrophin and a shorter lifeAct, which can be utilized as F-actin marker. Together, our study provides a structural perspective, where the binding sites of utrophin and lifeAct overlap with majority of actin-binding proteins and thus offering an invaluable resource for researchers in choosing appropriate actin markers and generating new marker variants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m5g.cif.gz | 397.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m5g.ent.gz | 314.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6m5g_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6m5g_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6m5g_validation.xml.gz | 66.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6m5g_validation.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42096.953 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139 #2: タンパク質 | 分子量: 30771.949 Da / 分子数: 3 / Fragment: calponin domain 1, calponin domain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UTRN, DMDL, DRP1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P46939 #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.0002 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot for 3 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4735 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 120 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 42.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 765 / 詳細: 20 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: GCTF for CTF correction / タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -166.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 259938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149660 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 177 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5ONV PDB chain-ID: A / Accession code: 5ONV / Pdb chain residue range: 6-373 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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