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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lu8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a human pre-60S ribosomal subunit - state A | ||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of protein localization to nucleolus / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / dendrite extension / preribosome binding / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of RNA biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation ...negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of protein localization to nucleolus / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / dendrite extension / preribosome binding / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of RNA biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / eukaryotic 80S initiation complex / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / negative regulation of protein neddylation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liang, X. / Zuo, M. / Zhang, Y. / Li, N. / Ma, C. / Dong, M. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of human pre-60S ribosomal particles before and after nuclear export. 著者: Xiaomeng Liang / Mei-Qing Zuo / Yunyang Zhang / Ningning Li / Chengying Ma / Meng-Qiu Dong / Ning Gao / ![]() 要旨: Ribosome biogenesis is an elaborate and energetically expensive program that involve two hundred protein factors in eukaryotes. Nuclear export of pre-ribosomal particles is one central step which ...Ribosome biogenesis is an elaborate and energetically expensive program that involve two hundred protein factors in eukaryotes. Nuclear export of pre-ribosomal particles is one central step which also serves as an internal structural checkpoint to ensure the proper completion of nuclear assembly events. Here we present four structures of human pre-60S particles isolated through a nuclear export factor NMD3, representing assembly stages immediately before and after nuclear export. These structures reveal locations of a dozen of human factors, including an uncharacterized factor TMA16 localized between the 5S RNA and the P0 stalk. Comparison of these structures shows a progressive maturation for the functional regions, such as peptidyl transferase centre and peptide exit tunnel, and illustrate a sequence of factor-assisted rRNA maturation events. These data facilitate our understanding of the global conservation of ribosome assembly in eukaryotes and species-specific features of human assembly factors. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 14
#1: タンパク質 | 分子量: 83796.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 258
#2: RNA鎖 | ![]() 分子量: 1641892.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#5: RNA鎖 | ![]() 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#8: RNA鎖 | ![]() 分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 6種, 6分子 3679Rz
#3: タンパク質 | 分子量: 57682.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 15230.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 23912.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 15268.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 ABCDEFGHIKLMNOPQSUVWXYZabcdegh...
-非ポリマー , 2種, 263分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#51: 化合物 | ChemComp-MG / #52: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21489 / 対称性のタイプ: POINT |