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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l35 | ||||||
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タイトル | PSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Cryo-EM / PSI-LHCI / Physcomitrella patens | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I ...photosystem I antenna complex / response to low light intensity stimulus / pigment binding / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / serine-type endopeptidase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physcomitrium patens (植物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, L. / Yan, Q.J. / Qin, X.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Antenna arrangement and energy-transfer pathways of PSI-LHCI from the moss Physcomitrella patens. 著者: Qiujing Yan / Liang Zhao / Wenda Wang / Xiong Pi / Guangye Han / Jie Wang / Lingpeng Cheng / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Xiaochun Qin / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen / 要旨: Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of ...Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of green plants, moss is at an evolutionarily intermediate position from aquatic photosynthetic organisms to land plants, being the first photosynthetic organisms that landed. Here, we report the structure of the PSI-LHCI supercomplex from the moss Physcomitrella patens (Pp) at 3.23 Å resolution solved by cryo-electron microscopy. Our structure revealed that four Lhca subunits are associated with the PSI core in an order of Lhca1-Lhca5-Lhca2-Lhca3. This number is much decreased from 8 to 10, the number of subunits in most green algal PSI-LHCI, but the same as those of land plants. Although Pp PSI-LHCI has a similar structure as PSI-LHCI of land plants, it has Lhca5, instead of Lhca4, in the second position of Lhca, and several differences were found in the arrangement of chlorophylls among green algal, moss, and land plant PSI-LHCI. One chlorophyll, PsaF-Chl 305, which is found in the moss PSI-LHCI, is located at the gap region between the two middle Lhca subunits and the PSI core, and therefore may make the excitation energy transfer from LHCI to the core more efficient than that of land plants. On the other hand, energy-transfer paths at the two side Lhca subunits are relatively conserved. These results provide a structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting and transfer in the moss PSI-LHCI, as well as important clues on the changes of PSI-LHCI after landing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l35.cif.gz | 771.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l35.ent.gz | 689.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l35.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l35_validation.pdf.gz | 11.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l35_full_validation.pdf.gz | 12.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6l35_validation.xml.gz | 173.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l35_validation.cif.gz | 216.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/6l35 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 82313.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA3, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82316.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q8MFA2, photosystem I |
-タンパク質 , 6種, 6分子 CEFHKL
#3: タンパク質 | 分子量: 8649.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXQ2, photosystem I |
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#5: タンパク質 | 分子量: 6895.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1IKE2 |
#6: タンパク質 | 分子量: 17465.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1J0L9 |
#8: タンパク質 | 分子量: 9861.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SL09 |
#11: タンパク質 | 分子量: 7916.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SFV4, UniProt: A0A2K1KU02*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 16892.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9S7M7, UniProt: A0A2K1IAD0*PLUS |
-Predicted protein ... , 2種, 2分子 DG
#4: タンパク質 | 分子量: 15654.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SRC8, UniProt: A0A2K1JKF2*PLUS |
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#7: タンパク質 | 分子量: 10564.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9SJ10, UniProt: A0A2K1JC42*PLUS |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 3種, 3分子 IJM
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3791.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXR3 |
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#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4597.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXM2 |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3051.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: Q6YXK4 |
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 4種, 4分子 2635
#14: タンパク質 | 分子量: 22922.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1K0C7 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 20761.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9T399, UniProt: A0A2K1JLZ3*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 23250.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A9TEM8, UniProt: A0A2K1IB10*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 22445.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physcomitrium patens (植物) / 参照: UniProt: A0A2K1KN29 |
-糖 , 1種, 1分子
#23: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 9種, 204分子
#18: 化合物 | ChemComp-CLA / #19: 化合物 | #20: 化合物 | ChemComp-LHG / #21: 化合物 | ChemComp-BCR / #22: 化合物 | #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CHL / #26: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #27: 化合物 | ChemComp-XAT / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Physcomitrella patens (植物) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70288 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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