+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jc3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Cryo-EM structure of nucleoprotein-RNA complex of Newcastle disease virus | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN/RNA / self-capping helical structure complex / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / RNA / Nucleocapsid 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Avian avulavirus 1 (ウイルス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Song, X. / Shan, H. / Zhu, Y. / Ding, W. / Ouyang, S. / Shen, Q.T. / Liu, Z.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Self-capping of nucleoprotein filaments protects the Newcastle disease virus genome. 著者: Xiyong Song / Hong Shan / Yanping Zhu / Shunlin Hu / Ling Xue / Yong Chen / Wei Ding / Tongxin Niu / Jian Gu / Songying Ouyang / Qing-Tao Shen / Zhi-Jie Liu / 要旨: Non-segmented negative-strand RNA viruses, such as measles, ebola and Newcastle disease viruses (NDV), encapsidate viral genomic RNAs into helical nucleocapsids, which serve as the template for viral ...Non-segmented negative-strand RNA viruses, such as measles, ebola and Newcastle disease viruses (NDV), encapsidate viral genomic RNAs into helical nucleocapsids, which serve as the template for viral replication and transcription. Here, the clam-shaped nucleocapsid structure, where the NDV viral genome is sequestered, was determined at 4.8 Å resolution by cryo-electron microscopy. The clam-shaped structure is composed of two single-turn spirals packed in a back-to-back mode. This tightly packed structure functions as a seed for the assembly of a nucleocapsid from both directions, facilitating the growth of double-headed filaments with two separate RNA strings inside. Disruption of this structure by mutations in its loop interface yielded a single-headed unfunctional filament. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jc3.cif.gz | 173.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6jc3.ent.gz | 140.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jc3_validation.pdf.gz | 992.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6jc3_full_validation.pdf.gz | 1008.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jc3_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jc3_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43830.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avian avulavirus 1 (ウイルス) / 遺伝子: NP, N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6R3F6 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of nucleoprotein-RNA of Newcastle disease virus タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Newcastle disease virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: GLOW DISCHARGED |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 41 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75290 / 対称性のタイプ: POINT |