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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iug | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the plant actin filaments from Zea mays pollen | ||||||||||||||||||
要素 | pollen F-actin | ||||||||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Microfilament / Helix / Actin | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ren, Z.H. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / He, Y.Q. / Du, P.Z. / Wang, Z.X. / Sun, F. / Ren, H.Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structure of Actin Filaments from Pollen. 著者: Zhanhong Ren / Yan Zhang / Yi Zhang / Yunqiu He / Pingzhou Du / Zhanxin Wang / Fei Sun / Haiyun Ren / 要旨: Actins are among the most abundant and conserved proteins in eukaryotic cells, where they form filamentous structures that perform vital roles in key cellular processes. Although large amounts of ...Actins are among the most abundant and conserved proteins in eukaryotic cells, where they form filamentous structures that perform vital roles in key cellular processes. Although large amounts of data on the biochemical activities, dynamic behaviors, and important cellular functions of plant actin filaments have accumulated, their structural basis remains elusive. Here, we report a 3.9 Å structure of the plant actin filament from pollen (ZMPA) using cryo-electron microscopy. The structure shows a right-handed, double-stranded (two parallel strands) and staggered architecture that is stabilized by intra- and interstrand interactions. While the overall structure resembles that of other actin filaments, its DNase I binding loop bends farther outward, adopting an open conformation similar to that of the jasplakinolide- or beryllium fluoride (BeF)-stabilized rabbit skeletal muscle actin (RSMA) filament. Single-molecule magnetic tweezers analysis revealed that the ZMPA filament can resist a greater stretching force than the RSMA filament. Overall, these data provide evidence that plant actin filaments have greater stability than animal actin filaments, which might be important to their role as tracks for long-distance vesicle and organelle transportation.plantcell;31/12/2855/FX1F1fx1. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iug.cif.gz | 325.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iug.ent.gz | 264.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6iug_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6iug_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6iug_validation.xml.gz | 54.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6iug_validation.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41211.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 器官: pollen grains Plasmid details: The cultivar of maize (Zea mays) plants is longping No.206. 参照: UniProt: B6TQ08 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The actin filament from Zea mays pollen / タイプ: COMPLEX 詳細: Plant actin was purified from the pollen which was collected from maize (Zea mays) plants and polymerized at room temperature for 4 hours. Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 15 kDa/nm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Zea mays (トウモロコシ) / 器官: Pollen grains | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Plant actin was dialyzed against buffer solution with pH 7.0 overnight in order to change the alkaline pH to the neutral pH and then polymerized at the final concentration of 0.4 mg/mL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: Blotting time of 5.5 s and blotting force of level 2 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 22013 X / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.44 sec. / 電子線照射量: 39 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3605 詳細: A total of 3,605 micrographs were recorded at a calibrated pixel size of 1.063 angstrom. |
画像スキャン | 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 2-27 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The micrographs such as those with pollutions, bad Thon rings, large defocus values and others, were excluded before filament boxing. 1,540 micrographs were finally sorted out as "good" ones. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -166.77 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 40943 詳細: A total of 8,609 ZMPA filaments were boxed using e2helixboxer.py in the package of EMAN2 with box width 168 and 77% box-overlap. A total of 40,943 segments were generated with box-size of 384. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35684 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 5100 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 70 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Chain C from pdb 5OOC was rigid body fitted to plant actin map using Chimera; Then Phenix was used for real space refinement. Finally, filament with 5 real space refinement units were ...詳細: Chain C from pdb 5OOC was rigid body fitted to plant actin map using Chimera; Then Phenix was used for real space refinement. Finally, filament with 5 real space refinement units were generated using helical parameter, and this filament with 5 units was real space refined using Phenix again. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OOC PDB chain-ID: C / Accession code: 5OOC / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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