[日本語] English
万見
- PDB-6i5a: Tobacco Mosaic Virus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i5a
タイトルTobacco Mosaic Virus
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / TMV / helical virus / coat protein / plant pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Song, B. / Flegler, V. / Makbul, C. / Rasmussen, T. / Bottcher, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation359471283 ドイツ
引用ジャーナル: Ultramicroscopy / 年: 2019
タイトル: Capabilities of the Falcon III detector for single-particle structure determination.
著者: Boyuan Song / Julian Lenhart / Vanessa Judith Flegler / Cihan Makbul / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher /
要旨: Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the ...Direct electron detectors are an essential asset for the resolution revolution in electron cryo microscopy of biological objects. The direct detectors provide two modes of data acquisition; the counting mode in which single electrons are counted, and the integrating mode in which the signal that arises from the incident electrons is integrated. While counting mode leads to far higher detective quantum efficiency at all spatial frequencies, the integrating mode enables faster data acquisition at higher exposure rates. For optimal throughput at best possible resolution it is important to understand when the better performance in counting mode becomes essential for solving a structure and when the lower detective quantum efficiency in integrating mode can be compensated by increasing the number of particles in the data set. Here, we provide a case study of the Falcon III camera, which has counting mode capability at exposure rates of <0.9 e/Px² and integrating mode capability at exposure rates above 10 e/Px². We found that counting mode gives better resolution for medium sized complexes such as the β-galactosidase (465 kDa) (2.2 Å, 97% of Nyquist vs. 2.4 Å, 89% of Nyquist) with data sets of similar size. However, for larger particles such as Hepatitis B virus capsid like particles (4.8 MDa) we did not find any resolution gain in counting mode.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4413
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4413
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6371
ポリマ－17,6371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Coat protein


分子量: 17636.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス)
株: vulgare / 参照: UniProt: P69687

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 40 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Nicotiana sp.
ウイルス殻直径: 180 nm
緩衝液pH: 7
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Quantifoil 400 mesh copper grids R 1.2/1.3 were used (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany). Grids were glow discharged in air at a pressure of 2.2x10-2 Torr for 2 min at medium power ...詳細: Quantifoil 400 mesh copper grids R 1.2/1.3 were used (Quantifoil Micro Tools GmbH, Jena, Germany). Grids were glow discharged in air at a pressure of 2.2x10-2 Torr for 2 min at medium power with a Harrick Plasma cleaner (PDC-002). Subsequently, 3-4 ul of the sample was pipetted onto the glow discharged grids and plunge frozen in liquid Ethane with a Vitrobot IV (FEI). The sample chamber of the Vitrobot was maintained at 4C and 100% humidity. Wait time between sample application and blotting was 45 s, the drain time 0 s, the blot time 3 s and the blot force 0.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 580 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2120 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 79 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1001
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Warp8モデルフィッティングautomatic model buildung with the ARP/WARP server
9Warp8モデル精密化automatic model buildung with the ARP/WARP server
10RELION初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
画像処理詳細: Movies were motion corrected and exposure weighted either with motioncor2 (see tables 1-3 for details). The defocus was determined for the motion corrected and exposure weighted averages with ctffind4
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 22.037 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.39615 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 393692
詳細: For TMV, some helices were picked manually with the helix picker implemented in relion 2.1. An initial 3D model of these segments was determined using the relion helix option with a cylinder ...詳細: For TMV, some helices were picked manually with the helix picker implemented in relion 2.1. An initial 3D model of these segments was determined using the relion helix option with a cylinder as the starting reference. The aligned helical segments after 3D refinement were subjected to 2D classification without alignment. Three of the 2D class averages were selected as templates for automatic picking of the TMV segments in relion.
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91927 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 105 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る