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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g8z | ||||||
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タイトル | Structure of the pore domain of homomeric mLRRC8A volume-regulated anion channel at 3.66 A resolution | ||||||
要素 | Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Chloride channel / Swelling-activated / VSOAC / Leucine-rich repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / protein hexamerization / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | ||||||
データ登録者 | Sawicka, M. / Deneka, D. / Lam, A.K.M. / Paulino, C. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structure of a volume-regulated anion channel of the LRRC8 family. 著者: Dawid Deneka / Marta Sawicka / Andy K M Lam / Cristina Paulino / Raimund Dutzler / 要旨: Volume-regulated anion channels are activated in response to hypotonic stress. These channels are composed of closely related paralogues of the leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family ...Volume-regulated anion channels are activated in response to hypotonic stress. These channels are composed of closely related paralogues of the leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family that co-assemble to form hexameric complexes. Here, using cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine the structure of a homomeric channel of the obligatory subunit LRRC8A. This protein conducts ions and has properties in common with endogenous heteromeric channels. Its modular structure consists of a transmembrane pore domain followed by a cytoplasmic leucine-rich repeat domain. The transmembrane domain, which is structurally related to connexin proteins, is wide towards the cytoplasm but constricted on the outside by a structural unit that acts as a selectivity filter. An excess of basic residues in the filter and throughout the pore attracts anions by electrostatic interaction. Our work reveals the previously unknown architecture of volume-regulated anion channels and their mechanism of selective anion conduction. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g8z.cif.gz | 377.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g8z.ent.gz | 305.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g8z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6g8z_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6g8z_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6g8z_validation.xml.gz | 60.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6g8z_validation.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94239.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI minus / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80WG5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pore domain of homohexameric mLRRC8A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI minus | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 46511 X / 倍率(補正後): 46511 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 1.1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3023 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 65 / 利用したフレーム数/画像: 1-65 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 105867 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34674 詳細: The cryo-EM density corresponding to the pore domain was resolved to 3.66 A after performing focused 3D refinement with signal subtraction and C6 symmetry. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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