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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fyy | ||||||||||||
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タイトル | Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 / eIF2 / eIF5 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / methionyl-initiator methionine tRNA binding / incipient cellular bud site / translation reinitiation ...formation of translation initiation ternary complex / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / methionyl-initiator methionine tRNA binding / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / GTPase activator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / double-stranded RNA binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Kluyveromyces lactis (酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Llacer, J.L. / Hussain, T. / Gordiyenko, Y. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition. 著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / 要旨: In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection. | ||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb6fyy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6fyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 6fyy_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fyy_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6fyy_validation.xml.gz | 213.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fyy_validation.cif.gz | 363.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/6fyy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 24799.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 579454.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: GenBank: 49642208 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 15344.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 ABEGHIMOQVWYabcde
#4: タンパク質 | 分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CN12 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 29013.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CWD0 |
#8: タンパク質 | 分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CWJ2 |
#10: タンパク質 | 分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CM04 |
#11: タンパク質 | 分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CTD6 |
#12: タンパク質 | 分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CMG3 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CLU4 |
#18: タンパク質 | 分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: P27069 |
#20: タンパク質 | 分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q875N2 |
#25: タンパク質 | 分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CXT6 |
#26: タンパク質 | 分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CW21 |
#28: タンパク質 | 分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CU44 |
#30: タンパク質 | 分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CS01 |
#31: タンパク質 | 分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CNL2 |
#32: タンパク質 | 分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: P33285 |
#33: タンパク質 | 分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CPG3 |
#34: タンパク質 | 分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CUH5 |
-タンパク質 , 17種, 17分子 CDFJKLNPRSTUXZfgq
#6: タンパク質 | 分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CKL3 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CRK7 |
#9: タンパク質 | 分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CRA3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CM18 |
#14: タンパク質 | 分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CVZ5 |
#15: タンパク質 | 分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CX80 |
#17: タンパク質 | 分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CJK0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CKV4 |
#21: タンパク質 | 分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CWU3 |
#22: タンパク質 | 分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CWT9 |
#23: タンパク質 | 分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CXM0 |
#24: タンパク質 | 分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CIM1 |
#27: タンパク質 | 分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: F2Z602 |
#29: タンパク質 | 分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CW78 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: P69061 |
#36: タンパク質 | 分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: Q6CNI7 |
#45: タンパク質 | 分子量: 86539.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NIP1, YMR309C, YM9924.01C, YM9952.11C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32497 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 h
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) 参照: UniProt: P0CX86 |
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-Eukaryotic translation initiation factor ... , 9種, 9分子 ijklmoprs
#38: タンパク質 | 分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TIF11, YMR260C, YM8156.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912 |
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#39: タンパク質 | 分子量: 34763.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459 |
#40: タンパク質 | 分子量: 57942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GCD11, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481 |
#41: タンパク質 | 分子量: 31631.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064 |
#42: タンパク質 | 分子量: 45321.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TIF5, YPR041W, YP3085.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38431 |
#43: タンパク質 | 分子量: 110517.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38249 |
#44: タンパク質 | 分子量: 88241.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06103 |
#46: タンパク質 | 分子量: 30520.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TIF35, SCY_1313 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZZ25 |
#47: タンパク質 | 分子量: 38803.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TIF34, SCY_4321 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZMK5 |
-非ポリマー , 4種, 124分子
#48: 化合物 | ChemComp-MG / #49: 化合物 | ChemComp-ZN / #50: 化合物 | ChemComp-MET / | #51: 化合物 | ChemComp-GCP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.8 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 78000 X / 倍率(補正後): 104478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2100 詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0166 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: FEI Falcon III | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 394672 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157868 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 49 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.02→3.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / SU B: 12.082 / SU ML: 0.202 / ESU R: 0.292 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.726 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 104243 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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