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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ftg | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Protein translocon of the endoplasmic reticulum | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex ...oligosaccharyltransferase III complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / membrane docking / endoplasmic reticulum Sec complex / pronephric nephron development / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein-transporting ATPase activity / protein insertion into ER membrane / protein N-linked glycosylation via asparagine / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / protein glycosylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein transmembrane transporter activity / post-translational protein modification / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to actinomycin D / rough endoplasmic reticulum / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / transcription coactivator binding / mRNA 5'-UTR binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / retina development in camera-type eye / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / synapse / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) Canis lupus familiaris (イヌ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pfeffer, S. / Foerster, F. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structural basis for coupling protein transport and N-glycosylation at the mammalian endoplasmic reticulum. 著者: Katharina Braunger / Stefan Pfeffer / Shiteshu Shrimal / Reid Gilmore / Otto Berninghausen / Elisabet C Mandon / Thomas Becker / Friedrich Förster / Roland Beckmann / 要旨: Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and ...Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and oligosaccharyltransferase (OST). Here we used different cryo-electron microscopy approaches to determine structures of native and solubilized ribosome-Sec61-OST complexes. A molecular model for the catalytic OST subunit STT3A (staurosporine and temperature sensitive 3A) revealed how it is integrated into the OST and how STT3-paralog specificity for translocon-associated OST is achieved. The OST subunit DC2 was placed at the interface between Sec61 and STT3A, where it acts as a versatile module for recruitment of STT3A-containing OST to the ribosome-Sec61 complex. This detailed structural view on the molecular architecture of the cotranslational machinery for N-glycosylation provides the basis for a mechanistic understanding of glycoprotein biogenesis at the endoplasmic reticulum. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6ftg.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ftg.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6ftg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ftg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/6ftg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4315MC 4306C 4307C 4308C 4309C 4310C 4311C 4312C 4313C 4314C 4316C 4317C 6ftiC 6ftjC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 31種, 31分子 ABFGHLOPQRSTUVXacdefghkmors2368
-Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 CIJMNWYjpt
#3: タンパク質 | 分子量: 41115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2 |
#10: タンパク質 | 分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8 |
#12: タンパク質 | 分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KNW6 |
#13: タンパク質 | 分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1 |
#22: タンパク質 | 分子量: 7512.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28 |
#24: タンパク質 | 分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0 |
#35: タンパク質 | 分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5 |
#41: タンパク質 | 分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53 |
#44: タンパク質 | 分子量: 17689.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7 |
-60S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 DEZbin
#4: タンパク質 | 分子量: 34006.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 28529.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG04 |
#25: タンパク質 | 分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6 |
#27: タンパク質 | 分子量: 8706.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN82 |
#34: タンパク質 | 分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5 |
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3213.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
-タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 l47
#37: タンパク質・ペプチド | 分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYU7 |
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#54: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3809.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) |
#57: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 uvw
#45: RNA鎖 | 分子量: 1186579.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#46: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#47: RNA鎖 | 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-Protein transport protein Sec61 subunit ... , 3種, 3分子 xyz
#48: タンパク質 | 分子量: 50758.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P38377 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 7019.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60058 |
#50: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3265.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: P60467 |
-Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 2種, 2分子 15
#51: タンパク質 | 分子量: 14515.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: E2RQ08 |
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#55: タンパク質 | 分子量: 80657.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) 参照: UniProt: F1PJP5, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase |
-糖 , 1種, 1分子
#59: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 3種, 165分子
#60: 化合物 | ChemComp-MG / #61: 化合物 | ChemComp-ZN / #62: 化合物 | ChemComp-9UB / [( | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 70 % / 詳細: Blot 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: On each individual tilt image / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 17600 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
EM volume selection | 手法: Template matching / Num. of tomograms: 211 / Num. of volumes extracted: 27500 | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 500 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |