PDB-6fo1: Human R2TP subcomplex containing 1 RUVBL1-RUVBL2 hexamer bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fo1

タイトル

Human R2TP subcomplex containing 1 RUVBL1-RUVBL2 hexamer bound to 1 RBD domain from RPAP3.

要素

RNA polymerase II-associated protein 3
RuvB-like 1
RuvB-like 2

キーワード

CHAPERONE / R2TP / HSP90 co-chaperone / PIH1D1 / RPAP3 / RUVBL1-RUVBL2

機能・相同性

機能・相同性情報

promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair ...promoter-enhancer loop anchoring activity / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Swr1 complex / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of double-strand break repair / Ino80 complex / Telomere Extension By Telomerase / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of embryonic development / MLL1 complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / cellular response to estradiol stimulus / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / telomere maintenance / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / euchromatin / chromatin DNA binding / ADP binding / nuclear matrix / beta-catenin binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / UCH proteinases / cellular response to UV / nucleosome / unfolded protein binding / protein folding / ATPase binding / HATs acetylate histones / spermatogenesis / DNA helicase / DNA recombination / regulation of apoptotic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein stabilization / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å

データ登録者

Martino, F. / Munoz-Hernandez, H. / Rodriguez, C.F. / Pearl, L.H. / Llorca, O.

資金援助

スペイン, 3件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2014-52301-R	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2017-82632-P	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2014-59993-JIN	スペイン

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: RPAP3 provides a flexible scaffold for coupling HSP90 to the human R2TP co-chaperone complex.
著者: Fabrizio Martino / Mohinder Pal / Hugo Muñoz-Hernández / Carlos F Rodríguez / Rafael Núñez-Ramírez / David Gil-Carton / Gianluca Degliesposti / J Mark Skehel / S Mark Roe / Chrisostomos ...
要旨: The R2TP/Prefoldin-like co-chaperone, in concert with HSP90, facilitates assembly and cellular stability of RNA polymerase II, and complexes of PI3-kinase-like kinases such as mTOR. However, the ...

履歴

登録	2018年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.3	2018年5月30日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Other / カテゴリ: atom_sites Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-4287 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fo1.cif.gz	363 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fo1.ent.gz	296.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/6fo1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4287MC 4289C 4290C 4291C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xsz-d 11789 6qi9-d 4287 6ojz-d 3083 6qi8-d 6ojy-d 6ok2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (6)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RuvB-like 1

B: RuvB-like 1

C: RuvB-like 1

D: RuvB-like 2

E: RuvB-like 2

F: RuvB-like 2

G: RNA polymerase II-associated protein 3

ヘテロ分子

383 kDa, 7 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis, microscopy

#1: タンパク質	RuvB-like 1 / 49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa ...49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-54 / INO80 complex subunit H / Nuclear matrix protein 238 / NMP 238 / Pontin 52 / TIP49a / TIP60-associated protein 54-alpha / TAP54-alpha 分子量: 50296.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y265, DNA helicase
#2: タンパク質	RuvB-like 2 / 48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa ...48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-51 / INO80 complex subunit J / Repressing pontin 52 / Reptin 52 / TIP49b / TIP60-associated protein 54-beta / TAP54-beta 分子量: 51222.465 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y230, DNA helicase
#3: タンパク質	RNA polymerase II-associated protein 3 分子量: 75830.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: MTSANKAIELQLQVKQNAEELQDFMRDLENWEKDIKQKDMELRRQNGVPEENLPPIRNGN FRKKKKGKAKESSKKTREENTKNRIKSYDYEAWAKLDVDRILDELDKDDSTHESLSQESE SEEDGIHVDSQKALVLKEKGNKYFKQGKYDEAIDCYTKGMDADPYNPVLPTNRASAYFRL ...詳細: MTSANKAIELQLQVKQNAEELQDFMRDLENWEKDIKQKDMELRRQNGVPEENLPPIRNGN FRKKKKGKAKESSKKTREENTKNRIKSYDYEAWAKLDVDRILDELDKDDSTHESLSQESE SEEDGIHVDSQKALVLKEKGNKYFKQGKYDEAIDCYTKGMDADPYNPVLPTNRASAYFRL KKFAVAESDCNLAVALNRSYTKAYSRRGAARFALQKLEEAKKDYERVLELEPNNFEATNE LRKISQALASKENSYPKEADIVIKSTEGERKQIEAQQNKQQAISEKDRGNGFFKEGKYER AIECYTRGIAADGANALLPANRAMAYLKIQKYEEAEKDCTQAILLDGSYSKAFARRGTAR TFLGKLNEAKQDFETVLLLEPGNKQAVTELSKIKKELIEKGHWDDVFLDSTQRQNVVKPI DNPPHPGSTKPLKKVIIEETGNLIQTIDVPDSTTAAAPENNPINLANVIAATGTTSKKNS SQDDLFPTSDTPRAKVLKIEEVSDTSSLQPQASLKQDVCQSYSEKMPIEIEQKPAQFATT VLPPIPANSFQLESDFRQLKSSPDMLYQYLKQIEPSLYPKLFQKNLDPDVFNQIVKILHD FYIEKEKPLLIFEILQRLSELKRFDMAVMFMSETEKKIARALFNHIDKSGLKDSSVEELK KRYGG 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H6T3
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: a human R2TP subcomplex containing 1 RUVBL1-RUVBL2 hexamer bound to 1 RBD domain of RPAP3
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	25 mM	HEPES		1
2	130 mM	sodium chloride	NaCl	1
3	10 mM	2-Mercaptoethanol		1
4	0.5 mM	ADP		1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 52 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 32

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.13-2998_final: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	2	粒子像選択
4	Gctf	1.06	CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
9	RELION	2	初期オイラー角割当
10	RELION	2	最終オイラー角割当
11	RELION	2	分類
12	RELION	2	３次元再構成
13	REFMAC		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101742 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	16868
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.851	23740
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.596	9936
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	2528
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2838

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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