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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f95 | ||||||
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タイトル | AlfA from B. subtilis plasmid pLS32 filament structure at 3.4 A | ||||||
要素 | AlfA | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / plasmid segregation / bacterial cytoskeleton / cytomotive filament | ||||||
機能・相同性 | Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-like protein N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | ||||||
データ登録者 | Szewczak-Harris, A. / Lowe, J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM reconstruction of AlfA from reveals the structure of a simplified actin-like filament at 3.4-Å resolution. 著者: Andrzej Szewczak-Harris / Jan Löwe / 要旨: Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, ...Low copy-number plasmid pLS32 of subsp. contains a partitioning system that ensures segregation of plasmid copies during cell division. The partitioning locus comprises actin-like protein AlfA, adaptor protein AlfB, and the centromeric sequence Similar to the ParMRC partitioning system from plasmid R1, AlfA filaments form actin-like double helical filaments that arrange into an antiparallel bipolar spindle, which attaches its growing ends to sister plasmids through interactions with AlfB and Because, compared with ParM and other actin-like proteins, AlfA is highly diverged in sequence, we determined the atomic structure of nonbundling AlfA filaments to 3.4-Å resolution by cryo-EM. The structure reveals how the deletion of subdomain IIB of the canonical actin fold has been accommodated by unique longitudinal and lateral contacts, while still enabling formation of left-handed, double helical, polar and staggered filaments that are architecturally similar to ParM. Through cryo-EM reconstruction of bundling AlfA filaments, we obtained a pseudoatomic model of AlfA doublets: the assembly of two filaments. The filaments are antiparallel, as required by the segregation mechanism, and exactly antiphasic with near eightfold helical symmetry, to enable efficient doublet formation. The structure of AlfA filaments and doublets shows, in atomic detail, how deletion of an entire domain of the actin fold is compensated by changes to all interfaces so that the required properties of polymerization, nucleotide hydrolysis, and antiparallel doublet formation are retained to fulfill the system's biological raison d'être. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f95.cif.gz | 237 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f95.ent.gz | 193.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f95.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f95_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f95_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6f95_validation.xml.gz | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f95_validation.cif.gz | 65.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f95 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31200.281 Da / 分子数: 5 / 変異: K21A, K22A, K101A, K102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52947 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AlfA filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM KCl, 2 mM TCEP, 1mM NaN3, pH 8.0, 5 mM ATP and 10 mM MgCl2 added to |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 368 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 156.521 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24.9219 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78787 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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