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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dnh | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30-PAS RNA complex at 3.4 A resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Recognition of the AAUAAA polyadenylation signal (PAS) / Hoogsteen base pair / zinc finger / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Simian virus 40 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun, Y. / Zhang, Y. / Hamilton, K. / Walz, T. / Tong, L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Molecular basis for the recognition of the human AAUAAA polyadenylation signal. 著者: Yadong Sun / Yixiao Zhang / Keith Hamilton / James L Manley / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong / 要旨: Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA ...Nearly all eukaryotic messenger RNA precursors must undergo cleavage and polyadenylation at their 3'-end for maturation. A crucial step in this process is the recognition of the AAUAAA polyadenylation signal (PAS), and the molecular mechanism of this recognition has been a long-standing problem. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of a quaternary complex of human CPSF-160, WDR33, CPSF-30, and an AAUAAA RNA at 3.4-Å resolution. Strikingly, the AAUAAA PAS assumes an unusual conformation that allows this short motif to be bound directly by both CPSF-30 and WDR33. The A1 and A2 bases are recognized specifically by zinc finger 2 (ZF2) of CPSF-30 and the A4 and A5 bases by ZF3. Interestingly, the U3 and A6 bases form an intramolecular Hoogsteen base pair and directly contact WDR33. CPSF-160 functions as an essential scaffold and preorganizes CPSF-30 and WDR33 for high-affinity binding to AAUAAA. Our findings provide an elegant molecular explanation for how PAS sequences are recognized for mRNA 3'-end formation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dnh.cif.gz | 328.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dnh.ent.gz | 246.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6dnh_validation.pdf.gz | 940.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6dnh_full_validation.pdf.gz | 964.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6dnh_validation.xml.gz | 49.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6dnh_validation.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 161074.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF1, CPSF160 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q10570 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 67546.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR33, WDC146 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9C0J8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 27646.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95639 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5361.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Simian virus 40 (ウイルス) |
#5: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 0.38 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 225000 X / 倍率(補正後): 46729 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2468 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1144122 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173632 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2RHK PDB chain-ID: C / Accession code: 2RHK / Pdb chain residue range: 56-116 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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