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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d00 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Calcarisporiella thermophila Hsp104 | |||||||||||||||||||||
要素 | Calcarisporiella thermophila Hsp104 | |||||||||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Spiral hexamer / antagonize toxin / ADP-binding state | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Calcarisporiella thermophila (菌類) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Pintilie, G. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Structure of Calcarisporiella thermophila Hsp104 Disaggregase that Antagonizes Diverse Proteotoxic Misfolding Events. 著者: Karolina Michalska / Kaiming Zhang / Zachary M March / Catherine Hatzos-Skintges / Grigore Pintilie / Lance Bigelow / Laura M Castellano / Leann J Miles / Meredith E Jackrel / Edward Chuang / ...著者: Karolina Michalska / Kaiming Zhang / Zachary M March / Catherine Hatzos-Skintges / Grigore Pintilie / Lance Bigelow / Laura M Castellano / Leann J Miles / Meredith E Jackrel / Edward Chuang / Robert Jedrzejczak / James Shorter / Wah Chiu / Andrzej Joachimiak / 要旨: Hsp104 is an AAA+ protein disaggregase with powerful amyloid-remodeling activity. All nonmetazoan eukaryotes express Hsp104 while eubacteria express an Hsp104 ortholog, ClpB. However, most studies ...Hsp104 is an AAA+ protein disaggregase with powerful amyloid-remodeling activity. All nonmetazoan eukaryotes express Hsp104 while eubacteria express an Hsp104 ortholog, ClpB. However, most studies have focused on Hsp104 from Saccharomyces cerevisiae and ClpB orthologs from two eubacterial species. Thus, the natural spectrum of Hsp104/ClpB molecular architectures and protein-remodeling activities remains largely unexplored. Here, we report two structures of Hsp104 from the thermophilic fungus Calcarisporiella thermophila (CtHsp104), a 2.70Å crystal structure and 4.0Å cryo-electron microscopy structure. Both structures reveal left-handed, helical assemblies with all domains clearly resolved. We thus provide the highest resolution and most complete view of Hsp104 hexamers to date. We also establish that CtHsp104 antagonizes several toxic protein-misfolding events in vivo where S. cerevisiae Hsp104 is ineffective, including rescue of TDP-43, polyglutamine, and α-synuclein toxicity. We suggest that natural Hsp104 variation is an invaluable, untapped resource for illuminating therapeutic disaggregases for fatal neurodegenerative diseases. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6d00.cif.gz | 893.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6d00.ent.gz | 723.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6d00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6d00_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6d00_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6d00_validation.xml.gz | 118.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6d00_validation.cif.gz | 177.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/6d00 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98911.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Calcarisporiella thermophila (菌類) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A452CSQ7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Calcarisporiella thermophila Hsp104 with ADP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Calcarisporiella thermophila (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM HEPES-KOH, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM ADP and 4 mM DTT |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 31.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3786 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 3-30 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 372498 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224915 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |