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- PDB-6cgr: CryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cgr
タイトルCryoEM structure of herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.
要素
  • (Capsid vertex component ...) x 2
  • (Triplex capsid protein ...) x 2
  • Large tegument protein deneddylase
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
キーワードVIRUS (ウイルス) / human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス科) / Herpes simplex virus type 1 (単純ヘルペスウイルス) / capsid-associated tegument complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus ...chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus / カプシド / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Triplex capsid protein 1 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2 / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Dai, X.H. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.
著者: Xinghong Dai / Z Hong Zhou /
要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. ...Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. Here we report cryo-electron microscopy structures of the HSV-1 capsid with CATC up to 3.5-angstrom resolution and atomic models of multiple conformers of capsid proteins VP5, VP19c, VP23, and VP26 and tegument proteins pUL17, pUL25, and pUL36. Crowning every capsid vertex are five copies of heteropentameric CATC, each containing a pUL17 monomer supporting the coiled-coil helix bundle of a pUL25 dimer and a pUL36 dimer, thus positioning their flexible domains for potential involvement in nuclear capsid egress and axonal capsid transport. Notwithstanding newly discovered fold conservation between triplex proteins and bacteriophage λ protein gpD and the previously recognized bacteriophage HK97 gp5-like fold in VP5, HSV-1 capsid proteins exhibit extraordinary diversity in forms of domain insertion and conformational polymorphism, not only for interactions with tegument proteins but also for encapsulation of large genomes.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • マップデータ: EMDB-7472
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
0: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Major capsid protein
5: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
8: Triplex capsid protein 1
9: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 2
k: Capsid vertex component 1
l: Capsid vertex component 2
m: Capsid vertex component 2
n: Large tegument protein deneddylase
o: Large tegument protein deneddylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,031,74451
ポリマ－4,031,74451
非ポリマー00
水0
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
0: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Major capsid protein
5: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
8: Triplex capsid protein 1
9: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 2
k: Capsid vertex component 1
l: Capsid vertex component 2
m: Capsid vertex component 2
n: Large tegument protein deneddylase
o: Large tegument protein deneddylase
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,904,6383060
ポリマ－241,904,6383060
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
0: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Major capsid protein
5: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
8: Triplex capsid protein 1
9: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 2
k: Capsid vertex component 1
l: Capsid vertex component 2
m: Capsid vertex component 2
n: Large tegument protein deneddylase
o: Large tegument protein deneddylase
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 20.2 MDa, 255 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,158,720255
ポリマ－20,158,720255
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Small capsomere-interacting protein
H: Small capsomere-interacting protein
I: Small capsomere-interacting protein
J: Small capsomere-interacting protein
K: Small capsomere-interacting protein
L: Small capsomere-interacting protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Small capsomere-interacting protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
0: Small capsomere-interacting protein
1: Small capsomere-interacting protein
2: Small capsomere-interacting protein
3: Small capsomere-interacting protein
4: Major capsid protein
5: Triplex capsid protein 1
6: Triplex capsid protein 2
7: Triplex capsid protein 2
8: Triplex capsid protein 1
9: Triplex capsid protein 2
a: Triplex capsid protein 2
b: Triplex capsid protein 1
c: Triplex capsid protein 2
d: Triplex capsid protein 2
e: Triplex capsid protein 1
f: Triplex capsid protein 2
g: Triplex capsid protein 2
h: Triplex capsid protein 1
i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 2
k: Capsid vertex component 1
l: Capsid vertex component 2
m: Capsid vertex component 2
n: Large tegument protein deneddylase
o: Large tegument protein deneddylase
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 24.2 MDa, 306 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,190,464306
ポリマ－24,190,464306
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 33分子 ABCDEFMNOSTUVWX4GHIJKLPQRYZ012...

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 149229.047 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G8HBD2
#2: タンパク質
Small capsomere-interacting protein


分子量: 12108.655 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: Q25BW6
#7: タンパク質 Large tegument protein deneddylase


分子量: 333809.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G8HBF0, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
Triplex capsid protein ... , 2種, 15分子 58beh679acdfgij

#3: タンパク質
Triplex capsid protein 1


分子量: 50328.281 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: F8REX2
#4: タンパク質
Triplex capsid protein 2


分子量: 34301.617 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G8H8D9

-
Capsid vertex component ... , 2種, 3分子 klm

#5: タンパク質 Capsid vertex component 1


分子量: 74699.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: F8RFA1
#6: タンパク質 Capsid vertex component 2


分子量: 62736.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: G8HBD8

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: VIRUS / 詳細: Cultured in Vero cells. / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 200 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: capsidカプシド / 直径: 1300 nm / 三角数 (T数): 16
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分名称: phosphate buffered saline / 式: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 14000 X / 倍率（補正後）: 24271 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 79 K
撮影平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7356
画像スキャンサンプリングサイズ: 2.5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 26 / 利用したフレーム数/画像: 1-26

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2875: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFIND3CTF補正
9IMIRS初期オイラー角割当
10IMIRS最終オイラー角割当
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 45530
詳細: Particles were boxed with ETHAN, and then manually examined.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28042 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007225010
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.954307131
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.089134710
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05334661
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00740948

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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