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万見
- PDB-6bhu: Cryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhu
タイトルCryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1)
要素Multidrug resistance-associated protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / multidrug resistance / outward facing
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / xenobiotic transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CHOLESTEROL / Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Johnson, Z.L. / Chen, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
The Rockefeller University 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund for Medical Research 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: ATP Binding Enables Substrate Release from Multidrug Resistance Protein 1.
著者: Zachary Lee Johnson / Jue Chen /
要旨: The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site ...The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site when the transporter rests in an inward-facing conformation. A key question remains: how are high-affinity substrates transferred across the membrane and released outside the cell? Using electron cryomicroscopy, we show here that ATP binding opens the transport pathway to the extracellular space and reconfigures the substrate-binding site such that it relinquishes its affinity for substrate. Thus, substrate is released prior to ATP hydrolysis. With this result, we now have a complete description of the conformational cycle that enables substrate transfer in a eukaryotic ABC exporter.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_related
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7099
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,2978
ポリマ－183,0741
非ポリマー2,2237
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance-associated protein 1 / ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Leukotriene C(4) transporter / LTC4 transporter


分子量: 183074.062 Da / 分子数: 1 / 変異: E1454Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ABCC1, MRP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GntI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8HXQ5
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
配列の詳細RESIDUES 30-194, CORRESPONDING TO TMD0, ARE MODELED AS POLY- ALANINE (POLY UNK). THE REGISTER IN ...RESIDUES 30-194, CORRESPONDING TO TMD0, ARE MODELED AS POLY- ALANINE (POLY UNK). THE REGISTER IN THIS REGION COULD NOT BE CONFIDENTLY ESTABLISHED AND THUS THE NUMBERING ASSIGNED TO THE RESIDUES IS PUTATIVE. THE POLY-ALANINE REGIONS HAVE BEEN RENAMED AS UNKNOW

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GntI- / プラスミド: Baculovirus
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1150 mMKCl1
250 mMTris1
32 mMMgCl21
42 mMDTT1
50.06 %Digitonin1
63 mMFos-Choline-8, fluorinated1
780 uMLeukotriene C41
82.5 %DMSO1
試料濃度: 4.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 400-mesh Au Holey Carbon Grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4210
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10FREALIGN最終オイラー角割当
12FREALIGN３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
14REFMACCCP4 7.0モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 354752
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354752 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.14→142 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / ESU R: 0.43
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29701 --
obs0.29701 89483 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 204.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4 Å2-1.23 Å21.08 Å2
2--2.55 Å2-0.8 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 10273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01910475
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0210096
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1051.97614258
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg3.759323284
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.05351319
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.2823.856402
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.384151721
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg13.7961556
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0580.21694
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0211472
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0080.022113
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.02721.5055303
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other4.02721.5045302
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it6.94532.2256613
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other6.94532.2266614
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it4.56520.3185172
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other4.56520.3175173
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other7.92430.5797646
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined13.73512476
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other13.73412477
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.14→3.222 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.819 6640 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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