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万見
- PDB-5zak: Cryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zak
タイトルCryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miRNA substrate
要素
  • Endoribonuclease Dicer
  • RISC-loading complex subunit TARBP2
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / Dicer / TRBP / Cryo-EM / RNA interference / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / peripheral nervous system myelin formation / negative regulation of defense response to virus by host / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis ...regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / regulation of viral transcription / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of regulatory ncRNA processing / peripheral nervous system myelin formation / negative regulation of defense response to virus by host / global gene silencing by mRNA cleavage / pre-miRNA binding / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA decay / apoptotic DNA fragmentation / positive regulation of myelination / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / positive regulation of Schwann cell differentiation / nerve development / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / miRNA processing / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / pre-mRNA binding / RISC complex / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / protein sequestering activity / RNA endonuclease activity / neuron projection morphogenesis / helicase activity / negative regulation of protein kinase activity / PKR-mediated signaling / double-stranded RNA binding / regulation of translation / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : ...RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Type III restriction enzyme, res subunit / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RISC-loading complex subunit TARBP2 / Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Liu, Z. / Wang, J. / Cheng, H. / Ke, X. / Sun, L. / Zhang, Q.C. / Wang, H.-W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31530018 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structure of Human Dicer and Its Complexes with a Pre-miRNA Substrate.
著者: Zhongmin Liu / Jia Wang / Hang Cheng / Xin Ke / Lei Sun / Qiangfeng Cliff Zhang / Hong-Wei Wang /
要旨: Human Dicer (hDicer) is a multi-domain protein belonging to the RNase III family. It plays pivotal roles in small RNA biogenesis during the RNA interference (RNAi) pathway by processing a diverse ...Human Dicer (hDicer) is a multi-domain protein belonging to the RNase III family. It plays pivotal roles in small RNA biogenesis during the RNA interference (RNAi) pathway by processing a diverse range of double-stranded RNA (dsRNA) precursors to generate ∼22 nt microRNA (miRNA) or small interfering RNA (siRNA) products for sequence-directed gene silencing. In this work, we solved the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of hDicer in complex with its cofactor protein TRBP and revealed the precise spatial arrangement of hDicer's multiple domains. We further solved structures of the hDicer-TRBP complex bound with pre-let-7 RNA in two distinct conformations. In combination with biochemical analysis, these structures reveal a property of the hDicer-TRBP complex to promote the stability of pre-miRNA's stem duplex in a pre-dicing state. These results provide insights into the mechanism of RNA processing by hDicer and illustrate the regulatory role of hDicer's N-terminal helicase domain.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6904
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dicer
B: RISC-loading complex subunit TARBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,0332
ポリマ－258,0332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2120 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area68790 Å2

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dicer / Helicase with RNase motif / Helicase MOI


分子量: 218947.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARBP2, TRBP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UPY3, ribonuclease III
#2: タンパク質 RISC-loading complex subunit TARBP2 / TRBP / TAR RNA-binding protein 2 / Trans-activation-responsive RNA-binding protein


分子量: 39085.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15633

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dicer and trbpCOMPLEXall0
2Human Dicer and TRBP complexCOMPLEXall1RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)単位実験値
11MEGADALTONSYES
210.25 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 2 mM EDTA
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse.
試料支持詳細: The grid was glow-discharged prior to use. / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38462 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Calibrated defocus min: 2500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7581
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
4CTFFIND4.1.8CTF補正
7UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
9PHENIX1.11モデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 337566 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
14GL2

4gl2

A145-593
22KOU

2kou

A1624-726
35B16

5b16

A11286-1620
43C4T

3c4t

A11653-1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00911334
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.58315327
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.5376973
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0731747
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.011954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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