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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o61 | |||||||||
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タイトル | The complete structure of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Hentschel, J. / Burnside, C. / Mignot, I. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017 タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome. 著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban / 要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o61.cif.gz | 3.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o61.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5o61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5o61_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5o61_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5o61_validation.xml.gz | 163.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5o61_validation.cif.gz | 293.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 3CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZabcdefg
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABBABWBX
#2: RNA鎖 | 分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: GenBank: 118168627 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: GenBank: 118168627 |
#35: RNA鎖 | 分子量: 495373.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: GenBank: 118168627 |
#56: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Model and sequence adopted from Escherichia coli tRNA(Phe) 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) |
#57: RNA鎖 | 分子量: 1791.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) |
-30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBV
#37: タンパク質 | 分子量: 30191.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSD7 |
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#38: タンパク質 | 分子量: 23415.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSL7 |
#39: タンパク質 | 分子量: 21946.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSG6 |
#40: タンパク質 | 分子量: 10991.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A0D6J3X3 |
#41: タンパク質 | 分子量: 17660.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QS97 |
#42: タンパク質 | 分子量: 14492.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSG3 |
#43: タンパク質 | 分子量: 16794.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSP9 |
#44: タンパク質 | 分子量: 11454.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSD0 |
#45: タンパク質 | 分子量: 14671.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSL6 |
#46: タンパク質 | 分子量: 13896.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QS96 |
#47: タンパク質 | 分子量: 14249.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSL5 |
#48: タンパク質 | 分子量: 6976.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSG2 |
#49: タンパク質 | 分子量: 10368.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QVQ3 |
#50: タンパク質 | 分子量: 16795.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QV37 |
#51: タンパク質 | 分子量: 11127.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSE0 |
#52: タンパク質 | 分子量: 9524.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R7F7 |
#53: タンパク質 | 分子量: 10800.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QSD5 |
#54: タンパク質 | 分子量: 9556.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0R102 |
#55: タンパク質 | 分子量: 30145.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QVB8 |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 YBB
#26: タンパク質 | 分子量: 6891.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: I7FJ52, UniProt: A0QV03*PLUS |
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#36: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4164.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: A0QR10 |
-非ポリマー , 3種, 632分子
#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 化合物 | ChemComp-PHE / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 96 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 100719 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 詳細: FEI EPU data collection |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction in Relion / タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224584 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |