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- PDB-5lzu: Structure of the mammalian ribosomal termination complex with acc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lzu
タイトルStructure of the mammalian ribosomal termination complex with accommodated eRF1
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 6
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-site tRNA
  • Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
  • P-site tRNA
  • RACK1
  • eL13
  • eL14
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL43
  • eL8
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS25
  • eS26
  • eS28
  • eS30
  • eS31
  • eS7
  • mRNA (UGA stop codon)
  • uL10
  • uL11
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL16
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL24
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / Translation / Elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / regulation of translational termination / protein methylation / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / regulation of G1 to G0 transition ...translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / regulation of translational termination / protein methylation / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / regulation of G1 to G0 transition / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / Protein hydroxylation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / 90S preribosome / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / protein-RNA complex assembly / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / small-subunit processome / positive regulation of translation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / small ribosomal subunit rRNA binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / retina development in camera-type eye / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / cell body / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / perikaryon / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / cell differentiation / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / translation
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / TRASH domain / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S8e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L34Ae
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A022_1007 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes.
著者: Sichen Shao / Jason Murray / Alan Brown / Jack Taunton / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde /
要旨: In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the ...In eukaryotes, accurate protein synthesis relies on a family of translational GTPases that pair with specific decoding factors to decipher the mRNA code on ribosomes. We present structures of the mammalian ribosome engaged with decoding factor⋅GTPase complexes representing intermediates of translation elongation (aminoacyl-tRNA⋅eEF1A), termination (eRF1⋅eRF3), and ribosome rescue (Pelota⋅Hbs1l). Comparative analyses reveal that each decoding factor exploits the plasticity of the ribosomal decoding center to differentially remodel ribosomal proteins and rRNA. This leads to varying degrees of large-scale ribosome movements and implies distinct mechanisms for communicating information from the decoding center to each GTPase. Additional structural snapshots of the translation termination pathway reveal the conformational changes that choreograph the accommodation of decoding factors into the peptidyl transferase center. Our results provide a structural framework for how different states of the mammalian ribosome are selectively recognized by the appropriate decoding factor⋅GTPase complex to ensure translational fidelity.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Decoding mammalian ribosome-mRNA states by translational GTPase complexes
著者: Shao, S. / Murray, J. / Brown, A. / Taunton, J. / Ramakrishnan, V. / Hegde, R.S.
履歴
登録2016年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support ...em_software / pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage ...pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: uL2
B: uL3
C: uL4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: uL30
G: eL8
H: uL6
I: uL16
J: uL5
L: eL13
M: eL14
N: Ribosomal protein L15
O: uL13
P: uL22
Q: eL18
R: eL19
S: eL20
T: eL21
U: eL22
V: uL14
W: eL24
X: uL23
Y: uL24
Z: 60S ribosomal protein L27
a: uL15
b: eL29
c: eL30
d: eL31
e: eL32
f: eL33
g: eL34
h: uL29
i: 60S ribosomal protein L36
j: Ribosomal protein L37
k: eL38
l: eL39
m: eL40
n: 60s ribosomal protein l41
o: eL42
p: eL43
r: eL28
s: uL10
t: uL11
2: P-site tRNA
3: E-site tRNA
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
9: 18S ribosomal RNA
AA: uS2
BB: 40S ribosomal protein S3a
CC: uS5
DD: uS3
EE: 40S ribosomal protein S4
FF: uS7
GG: 40S ribosomal protein S6
HH: eS7
II: 40S ribosomal protein S8
JJ: Ribosomal protein S9 (Predicted)
KK: eS10
LL: uS17
MM: 40S ribosomal protein S12
NN: uS15
OO: uS11
PP: uS19
QQ: uS9
RR: eS17
SS: uS13
TT: eS19
UU: uS10
VV: eS21
WW: uS8
XX: uS12
YY: eS24
ZZ: eS25
aa: eS26
bb: 40S ribosomal protein S27
cc: eS28
dd: uS14
ee: eS30
ff: eS31
gg: RACK1
hh: mRNA (UGA stop codon)
ii: Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,473,136351
ポリマ－3,466,34285
非ポリマー6,794266
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 64種, 64分子 ABCFGHIJLMOPQRSTUVWXYabcdefghk...

#1: タンパク質 uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TT27
#2: タンパク質 uL3


分子量: 46107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#3: タンパク質 uL4


分子量: 47727.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#6: タンパク質 uL30


分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#7: タンパク質 eL8


分子量: 36221.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#8: タンパク質 uL6


分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TX33, UniProt: G1SWI6*PLUS
#9: タンパク質 uL16 / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#10: タンパク質 uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#11: タンパク質 eL13


分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#12: タンパク質 eL14


分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#14: タンパク質 uL13


分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#15: タンパク質 uL22


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TVT6
#16: タンパク質 eL18


分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#17: タンパク質 eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#18: タンパク質 eL20


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#19: タンパク質 eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#20: タンパク質 eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#21: タンパク質 uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T6D1
#22: タンパク質 eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#23: タンパク質 uL23


分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#24: タンパク質 uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#26: タンパク質 uL15


分子量: 16620.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#27: タンパク質 eL29


分子量: 26708.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#28: タンパク質 eL30


分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#29: タンパク質 eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#30: タンパク質 eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#31: タンパク質 eL33


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#32: タンパク質 eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U945
#33: タンパク質 uL29


分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#36: タンパク質 eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#37: タンパク質 eL39


分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#38: タンパク質 eL40


分子量: 11699.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#40: タンパク質 eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U344
#41: タンパク質 eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#42: タンパク質 eL28


分子量: 15783.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#43: タンパク質 uL10


分子量: 34380.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#44: タンパク質 uL11


分子量: 17847.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#51: タンパク質 uS2


分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#53: タンパク質 uS5


分子量: 31327.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#54: タンパク質 uS3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#56: タンパク質 uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#58: タンパク質 eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#61: タンパク質 eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#62: タンパク質 uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#64: タンパク質 uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#65: タンパク質 uS11


分子量: 18133.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0
#66: タンパク質 uS19


分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#67: タンパク質 uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#68: タンパク質 eS17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#69: タンパク質 uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPG3
#70: タンパク質 eS19


分子量: 16106.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#71: タンパク質 uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#72: タンパク質 eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#73: タンパク質 uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#74: タンパク質 uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質 eS24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#76: タンパク質 eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#77: タンパク質 eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#79: タンパク質 eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#80: タンパク質 uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#81: タンパク質 eS30


分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#82: タンパク質 eS31


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22
#83: タンパク質 RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#85: タンパク質 Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 / eRF1 / Protein Cl1 / TB3-1


分子量: 51639.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETF1, ERF1, RF1, SUP45L1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62495

-
60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 DEZin

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / uL18


分子量: 34481.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / eL6


分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / eL36


分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTQ5
#39: タンパク質・ペプチド 60s ribosomal protein l41 / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 NjJJ

#13: タンパク質 Ribosomal protein L15 / eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#35: タンパク質 Ribosomal protein L37 / eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#60: タンパク質 Ribosomal protein S9 (Predicted)


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 235789hh

#45: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24436.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24102.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#47: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1148115.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#48: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#49: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#50: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 602778.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#84: RNA鎖 mRNA (UGA stop codon)


分子量: 4753.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
40S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 BBEEGGIIMMbb

#52: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76

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非ポリマー , 2種, 266分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Affinity-purified 80S ribosome-nascent chain complex reconstituted with eRF1.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
2100 mMPotassium acetateKOAc1
35 mMMagnessium acetateMg(OAc)21
41 mMDTT1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 1611
画像スキャン動画フレーム数/画像: 16

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION1.4粒子像選択
3EPU画像取得
5Gctf0.5CTF補正
8UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
9Coot5.8モデルフィッティング
11REFMAC5.8モデル精密化
12RELION1.4初期オイラー角割当
13RELION1.4最終オイラー角割当
14RELION1.4分類
15RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 105812
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13852 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 63.8 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSCaverage
精密化解像度: 3.75→300.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / SU B: 37.363 / SU ML: 0.536 / ESU R: 1.897
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.33253 --
obs0.33253 971180 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 99.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20.31 Å2-0.1 Å2
2--0.58 Å2-0.53 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 219116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.015237786
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.02157028
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1021.542344380
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.183367581
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg29.7187.79822078
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.90721.5863966
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.681518177
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg13.74151108
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1330.21238734
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.02177074
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0254229
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.10910.35648352
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.10910.35648351
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it9.07515.50160279
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other9.07515.50160280
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it4.3339.903189434
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other4.3339.902189432
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other7.55314.732284101
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined23.416698919
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other23.416698920
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.75→3.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.648 71860 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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