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- PDB-5l9u: Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l9u
タイトルModel of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with a cross linked Ubiquitin variant-substrate-UBE2C (UBCH10) complex representing key features of multiubiquitination
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...後期促進複合体) x 11
  • (Cell division cycle protein ...細胞周期) x 3
  • Fizzy-related protein homolog
  • Hsl1(substrate)_peptide-Ubiquitin_variant fusion
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C
キーワードSIGNALING PROTEIN / ubiquitination (ユビキチン) / multi-protein complex / cell division (細胞分裂)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / Regulation of TNFR1 signaling ...: / : / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Fanconi Anemia Pathway / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Cyclin D associated events in G1 / Stabilization of p53 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOD1/2 Signaling Pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / TCF dependent signaling in response to WNT / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Downregulation of ERBB2 signaling / Regulation of signaling by CBL / : / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / protein localization to septin ring / Downregulation of ERBB4 signaling / Stimuli-sensing channels / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Josephin domain DUBs / Ovarian tumor domain proteases / Negative regulation of MET activity / Interleukin-1 signaling / Regulation of PTEN localization / mitotic morphogenesis checkpoint signaling / Regulation of necroptotic cell death / Pexophagy / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Metalloprotease DUBs / Aggrephagy / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / UCH proteinases / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX3 expression and activity / p75NTR recruits signalling complexes / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Degradation of AXIN / Regulation of RAS by GAPs / Orc1 removal from chromatin / Neddylation
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / ユビキチン結合酵素 / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / ユビキチン様タンパク質 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Polyubiquitin-C / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / Probable serine/threonine-protein kinase HSL1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Polyubiquitin-C / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Brown, N.G. / VanderLinden, R. / Dube, P. / Haselbach, D. / Peters, J.M. / Stark, H. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, ドイツ, 5件
組織認可番号国
Jane Coffin Childs, Leukemia & Lymphoma Society 米国
National Institutes of HealthR37GM065930 米国
National Institutes of HealthP30CA021765 米国
Howard Hughes Medical Institute 米国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Dual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.
著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / ...著者: Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / Renping Qiao / Ying Lu / Prakash Dube / Michael R Brunner / Christy R R Grace / Darcie J Miller / David Haselbach / Marc A Jarvis / Masaya Yamaguchi / David Yanishevski / Georg Petzold / Sachdev S Sidhu / Brian Kuhlman / Marc W Kirschner / J Wade Harper / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
要旨: Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of ...Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of polyubiquitination: multiubiquitination of several sites and elongation of linkage-specific UB chains. Here, cryo-EM and biochemistry show that the human E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its two partner E2s, UBE2C (aka UBCH10) and UBE2S, adopt specialized catalytic architectures for these two distinct forms of polyubiquitination. The APC/C RING constrains UBE2C proximal to a substrate and simultaneously binds a substrate-linked UB to drive processive multiubiquitination. Alternatively, during UB chain elongation, the RING does not bind UBE2S but rather lures an evolving substrate-linked UB to UBE2S positioned through a cullin interaction to generate a Lys11-linked chain. Our findings define mechanisms of APC/C regulation, and establish principles by which specialized E3-E2-substrate-UB architectures control different forms of polyubiquitination.
履歴
登録2016年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / pdbx_database_related
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-3432
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
B: Anaphase-promoting complex subunit 11
C: Cell division cycle protein 23 homolog
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
E: Anaphase-promoting complex subunit 16
F: Cell division cycle protein 27 homolog
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Cell division cycle protein 27 homolog
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
J: Cell division cycle protein 16 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 23 homolog
R: Fizzy-related protein homolog
S: Hsl1(substrate)_peptide-Ubiquitin_variant fusion
U: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
X: Anaphase-promoting complex subunit 7
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,258,62522
ポリマ－1,258,62522
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / 後期促進複合体 / APC1 / Cyclosome subunit 1 / Mitotic checkpoint regulator / Testis-specific gene 24 protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / 後期促進複合体 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / 後期促進複合体 / APC15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / 後期促進複合体 / APC16 / Cyclosome subunit 16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / 後期促進複合体 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / 後期促進複合体 / APC4 / Cyclosome subunit 4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 93207.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct contains the remnant of PreScission Protease site at C-terminus.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / 後期促進複合体 / APC10 / Cyclosome subunit 10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / 後期促進複合体 / APC13 / Cyclosome subunit 13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / 後期促進複合体 / APC2 / Cyclosome subunit 2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / 後期促進複合体 / APC5 / Cyclosome subunit 5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#17: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / 後期促進複合体 / APC7 / Cyclosome subunit 7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 63204.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 CPFHJK

#3: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#6: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042

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タンパク質 , 3種, 3分子 RSU

#14: タンパク質 Fizzy-related protein homolog / Fzr / CDC20-like protein 1 / Cdh1/Hct1 homolog / hCDH1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54838.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZR1, CDH1, FYR, FZR, KIAA1242 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM11
#15: タンパク質 Hsl1(substrate)_peptide-Ubiquitin_variant fusion / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17057.281 Da / 分子数: 1 / Mutation: K788C,K788C,K788C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This construct comprises 768-842 of HSL1 with an N-terminal Gemini-IM motif and linker and a C-terminal UB variant (CHAIN V). K788C of this construct is cross-linked to UBE2C C115 (CHAIN U) ...詳細: This construct comprises 768-842 of HSL1 with an N-terminal Gemini-IM motif and linker and a C-terminal UB variant (CHAIN V). K788C of this construct is cross-linked to UBE2C C115 (CHAIN U) and to UbG75C (not visible) via TMEA.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: HSL1, YKL101W, YKL453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P34244, UniProt: Q63429, non-specific serine/threonine protein kinase
#16: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme C / E2 ubiquitin-conjugating enzyme C / UbcH10 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme C / E2 ubiquitin-conjugating enzyme C / UbcH10 / Ubiquitin carrier protein C / Ubiquitin-protein ligase C / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20768.289 Da / 分子数: 1 / Mutation: C102A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2C, UBCH10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O00762, ユビキチン結合酵素, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multi-protein complex of APC/C, coactivator CDH1, and cross-linked complex of UBE2C, Ubiquitin, and Substrate-UB_variant fusion.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all
分子量値: 1.28 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 1.2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135578 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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