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- PDB-5jbh: Cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jbh
タイトルCryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex in the P-IN conformation
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein uL30
  • aIF1
  • aIF1A
  • aIF2-alpha
  • aIF2-beta
  • aIF2-gamma
  • initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
  • mRNA
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation ...translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / : / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Ribosomal protein S27ae / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. ...Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / : / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor 2, gamma subunit / Ribosomal protein S27ae / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Ribosomal protein S9, archaeal / SUI1 domain / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / S1 domain profile. / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Ribosomal protein S28e conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / METHIONINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / METHIONINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Protein translation factor SUI1 homolog / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS19 / Translation initiation factor 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Pyrococcus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å
データ登録者Coureux, P.-D. / Schmitt, E. / Mechulam, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM study of start codon selection during archaeal translation initiation.
著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Auriane Monestier / Eric Larquet / Lionel Cladière / Bruno P Klaholz / Emmanuelle Schmitt / Yves Mechulam /
要旨: Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal ...Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal subunit. e/aIF2 plays a crucial role in this process but how this factor controls start codon selection remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the full archaeal 30S initiation complex showing two conformational states of the TC. In the first state, the TC is bound to the ribosome in a relaxed conformation with the tRNA oriented out of the P site. In the second state, the tRNA is accommodated within the peptidyl (P) site and the TC becomes constrained. This constraint is compensated by codon/anticodon base pairing, whereas in the absence of a start codon, aIF2 contributes to swing out the tRNA. This spring force concept highlights a mechanism of codon/anticodon probing by the initiator tRNA directly assisted by aIF2.
履歴
登録2016年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Data collection
改定 1.22017年2月8日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _audit_author.name / _em_admin.last_update ..._audit_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.62024年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8149
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 16S ribosomal RNA
Z: 30S ribosomal protein uS3
3: 50S ribosomal protein uL30
L: 30S ribosomal protein uS10
O: 30S ribosomal protein uS13
P: 30S ribosomal protein uS14
S: 30S ribosomal protein eS17
T: 30S ribosomal protein uS19
U: 30S ribosomal protein eS19
X: 30S ribosomal protein eS28
Y: 30S ribosomal protein eS27
H: 30S ribosomal protein uS7
K: 30S ribosomal protein uS9
M: 30S ribosomal protein uS11
N: 30S ribosomal protein uS12
Q: 30S ribosomal protein uS15
R: 30S ribosomal protein uS17
A: 30S ribosomal protein uS3
B: 30S ribosomal protein uS2
V: 30S ribosomal protein eS24
W: 30S ribosomal protein eS27
D: 30S ribosomal protein uS4
E: 30S ribosomal protein eS4
F: 30S ribosomal protein uS5
G: 30S ribosomal protein eS6
I: 30S ribosomal protein uS8
J: 30S ribosomal protein eS8
C: 30S ribosomal protein SX
0: 30S ribosomal protein eL41
5: mRNA
1: aIF1
4: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
6: aIF1A
7: aIF2-gamma
8: aIF2-beta
9: aIF2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,065,14840
ポリマ－1,064,38736
非ポリマー7614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area156180 Å2
ΔGint-1222 kcal/mol
Surface area368780 Å2
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 254

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 492800.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 16S model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
#30: RNA鎖 mRNA


分子量: 8394.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus (古細菌)
#32: RNA鎖 initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)


分子量: 24488.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: tRNA model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

+
30S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ZLOPSTUXYHKMNQRABVWDEFGIJC0

#2: タンパク質 30S ribosomal protein uS3


分子量: 23464.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS3 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U004*PLUS
#4: タンパク質 30S ribosomal protein uS10


分子量: 11769.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS10 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61885*PLUS
#5: タンパク質 30S ribosomal protein uS13


分子量: 16948.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS13 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E2*PLUS
#6: タンパク質 30S ribosomal protein uS14


分子量: 6634.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS14 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U013*PLUS
#7: タンパク質 30S ribosomal protein eS17


分子量: 7942.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS17 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0U1*PLUS
#8: タンパク質 30S ribosomal protein uS19


分子量: 15357.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS19 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U002*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein eS19


分子量: 17394.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS19 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0G8*PLUS
#10: タンパク質 30S ribosomal protein eS28


分子量: 8116.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS28 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U159*PLUS
#11: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein eS27


分子量: 5864.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS27 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U443*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein uS7


分子量: 24701.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS5 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0M8*PLUS
#13: タンパク質 30S ribosomal protein uS9


分子量: 15317.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS9 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E7*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein uS11


分子量: 14756.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS11 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0E3*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein uS12


分子量: 16477.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS12 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61994*PLUS
#16: タンパク質 30S ribosomal protein uS15


分子量: 18640.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS15 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZD9*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein uS17


分子量: 13296.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS17 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U008*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein uS3


分子量: 22984.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS3 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TZE1*PLUS
#19: タンパク質 30S ribosomal protein uS2


分子量: 23039.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS2 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U0F0*PLUS
#20: タンパク質 30S ribosomal protein eS24


分子量: 11698.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS24 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U442*PLUS
#21: タンパク質 30S ribosomal protein eS27


分子量: 6888.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS27 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U474*PLUS
#22: タンパク質 30S ribosomal protein uS4


分子量: 21381.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS4 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61992*PLUS
#23: タンパク質 30S ribosomal protein eS4


分子量: 28197.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS4 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U011*PLUS
#24: タンパク質 30S ribosomal protein uS5


分子量: 26590.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS5 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U017*PLUS
#25: タンパク質 30S ribosomal protein eS6


分子量: 14002.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS6 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3H8*PLUS
#26: タンパク質 30S ribosomal protein uS8


分子量: 14684.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein uS8 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U014*PLUS
#27: タンパク質 30S ribosomal protein eS8


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eS8 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U1Y5*PLUS
#28: タンパク質 30S ribosomal protein SX


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein SX model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
#29: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein eL41


分子量: 3050.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 30S ribosomal protein eL41 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U232*PLUS

-
タンパク質 , 6種, 6分子 316789

#3: タンパク質 50S ribosomal protein uL30


分子量: 13414.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 50S ribosomal protein L7AE model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62008*PLUS
#31: タンパク質 aIF1


分子量: 11621.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57902*PLUS
#33: タンパク質 aIF1A


分子量: 13078.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V138*PLUS
#34: タンパク質 aIF2-gamma


分子量: 45849.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aIF2-gamma model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980A5*PLUS
#35: タンパク質 aIF2-beta


分子量: 15942.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aIF2-beta model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W59*PLUS
#36: タンパク質 aIF2-alpha


分子量: 30432.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aIF2-alpha model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z79*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 4分子

#37: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#38: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

非ポリマーの詳細PSU was indeed built as U for technical reasons and the resolution of the map is far from being ...PSU was indeed built as U for technical reasons and the resolution of the map is far from being sufficient to distinguish between U and PSU.
配列の詳細the pyrococcus furiosus model of the 30S subunit was fitted in the electron density map of the 30S ...the pyrococcus furiosus model of the 30S subunit was fitted in the electron density map of the 30S subunit from pyrococcus abyssi. This explain the alignment mismatches

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
130S archaeal translation initiation complexCOMPLEX#1-#360MULTIPLE SOURCES
230S archaeal translation initiation complexCOMPLEX#1-#291NATURAL
330S archaeal translation initiation complexCOMPLEX#31, #33-#361RECOMBINANT
430S archaeal translation initiation complexCOMPLEX#321RECOMBINANT
530S archaeal translation initiation complexCOMPLEX#301RECOMBINANT
分子量値: 0.982 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)272844
23Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)272844
34Escherichia coli (大腸菌)562
45Pyrococcus (古細菌)2260
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
35Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12600 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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