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- PDB-4v6s: Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermedia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v6s
タイトルStructural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 3 of the six classes)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • P site tRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / cryoelectron microscopy (低温電子顕微鏡法) / molecular dynamics flexible fitting / ratchet-like rotation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / ribosome binding / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.1 Å
データ登録者Agirrezabala, X. / Liao, H. / Schreiner, E. / Fu, J. / Ortiz-Meoz, R.F. / Schulten, K. / Green, R. / Frank, J.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates.
著者: Xabier Agirrezabala / Hstau Y Liao / Eduard Schreiner / Jie Fu / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Klaus Schulten / Rachel Green / Joachim Frank /
要旨: Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of ...Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of translocation, characterized by intermediate intersubunit rotations, L1 stalk positions, and tRNA configurations. Furthermore, we describe the domain rearrangements in quantitative terms, which has allowed us to characterize the processivity and coordination of the conformational reorganization of the ribosome, along with the associated changes in tRNA ribosome-binding configuration. The results are consistent with the view of the ribosome as a molecular machine employing Brownian motion to reach a functionally productive state via a series of substates with incremental changes in conformation.
履歴
登録2011年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J13, 3J11
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月1日Group: Other
改定 2.02018年7月18日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: em_image_scans / em_software ...em_image_scans / em_software / entity_poly / struct_ref_seq
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name ..._em_software.image_processing_id / _em_software.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 2.12019年12月18日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年2月8日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_related.content_type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.32024年5月15日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5360
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 5S ribosomal RNA
AB: 23S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L1
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AI: 50S ribosomal protein L9
AJ: 50S ribosomal protein L10
AK: 50S ribosomal protein L11
AL: 50S ribosomal protein L13
AM: 50S ribosomal protein L14
AN: 50S ribosomal protein L15
AO: 50S ribosomal protein L16
AP: 50S ribosomal protein L17
AQ: 50S ribosomal protein L18
AR: 50S ribosomal protein L19
AS: 50S ribosomal protein L20
AT: 50S ribosomal protein L21
AU: 50S ribosomal protein L22
AV: 50S ribosomal protein L23
AW: 50S ribosomal protein L24
AX: 50S ribosomal protein L25
AY: 50S ribosomal protein L27
AZ: 50S ribosomal protein L28
A0: 50S ribosomal protein L29
A1: 50S ribosomal protein L30
A2: 50S ribosomal protein L31
A3: 50S ribosomal protein L32
A4: 50S ribosomal protein L33
A5: 50S ribosomal protein L34
A6: 50S ribosomal protein L35
A7: 50S ribosomal protein L36
BA: 16S ribosomal RNA
BB: mRNA
BC: P site tRNA
BD: 30S ribosomal protein S2
BE: 30S ribosomal protein S3
BF: 30S ribosomal protein S4
BG: 30S ribosomal protein S5
BH: 30S ribosomal protein S6
BI: 30S ribosomal protein S7
BJ: 30S ribosomal protein S8
BK: 30S ribosomal protein S9
BL: 30S ribosomal protein S10
BM: 30S ribosomal protein S11
BN: 30S ribosomal protein S12
BO: 30S ribosomal protein S13
BP: 30S ribosomal protein S14
BQ: 30S ribosomal protein S15
BR: 30S ribosomal protein S16
BS: 30S ribosomal protein S17
BT: 30S ribosomal protein S18
BU: 30S ribosomal protein S19
BV: 30S ribosomal protein S20
BW: 30S ribosomal protein S21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,233,67257
ポリマ－2,233,67257
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAABBABBBC

#1: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357928
#2: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941813.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357927
#35: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 499874.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 83754040
#36: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 15036.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#37: RNA鎖 P site tRNA


分子量: 24832.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 ACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZA0A1A2A3A4A5A6A7

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P0A7L0
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 17605.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P0A7J3
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBW

#38: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#56: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#57: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / 詳細: with P site tRNA
分子量値: 2.8 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
pH: 7.5
詳細: HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
試料濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 200 mesh / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: NITROGEN / Temp: 80 K / 湿度: 90 %
詳細: Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
手法: blot for 3 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2011年5月1日
詳細: automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 58269 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: cartridge / 温度: 80.7 K / 最高温度: 80.7 K / 最低温度: 80.7 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
3Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: Volumes were CTF-corrected in defocus groups
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 13.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 21000 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.5 Å / 倍率補正: 50000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: RMSD, cross correlation
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Molecular Dynamics based flexible fitting
原子モデル構築PDB-ID: 2I2V

2i2v
PDB 未公開エントリ


Accession code: 2I2V / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29872 64917 0 0 94789

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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