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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5z | |||||||||
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タイトル | Structure of a mammalian 80S ribosome obtained by docking homology models of the RNA and proteins into an 8.7 A cryo-EM map | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN/RNA / protein-RNA complex / 40S ribosomal subunit / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Canis familiaris (イヌ) canis familiaris (イヌ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Chandramouli, P. / Akey, C.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Structure of the mammalian 80S ribosome at 8.7 A resolution. 著者: Preethi Chandramouli / Maya Topf / Jean-François Ménétret / Narayanan Eswar / Jamie J Cannone / Robin R Gutell / Andrej Sali / Christopher W Akey / 要旨: In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was ...In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was created by docking homology models of subunit rRNAs and conserved proteins into the density map. We then modeled expansion segments in the subunit rRNAs and found unclaimed density for approximately 20 proteins. In general, many conserved proteins and novel proteins interact with expansion segments to form an integrated framework that may stabilize the mature ribosome. Our structure provides a snapshot of the mammalian ribosome at the beginning of translation and lends support to current models in which large movements of the small subunit and L1 stalk occur during tRNA translocation. Finally, details are presented for intersubunit bridges that are specific to the eukaryotic ribosome. We suggest that these bridges may help reset the conformation of the ribosome to prepare for the next cycle of chain elongation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v5z.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v5z.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4v5z_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4v5z_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4v5z_validation.xml.gz | 213.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4v5z_validation.cif.gz | 341.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 8種, 8分子 AAAGAHB1B0BXBYBZ
#1: RNA鎖 | 分子量: 504281.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Ribosome-channel complexes isolated from ER membranes were used to create a 3D map which was used to model the 40S subunit in the 80S ribosome. 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 4539.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 13335.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 39561.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) canis familiaris (イヌ) |
#26: RNA鎖 | 分子量: 940211.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Ribosome-channel complexes isolated from ER membranes were used to create a 3D map which was used to model the 60S subunit in the 80S ribosome. 由来: (天然) canis familiaris (イヌ) |
#50: RNA鎖 | 分子量: 36425.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#51: RNA鎖 | 分子量: 37084.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#52: RNA鎖 | 分子量: 23175.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
+RNA Expansion segment ... , 28種, 28分子 ABACADAEAFBABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBW
-40S Ribosomal protein ... , 16種, 16分子 AaAbAcAdAeAgAhAiAjAkAlAmAnAoAqAs
#9: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
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#10: タンパク質 | 分子量: 32913.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#11: タンパク質 | 分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#12: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#13: タンパク質 | 分子量: 19397.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#14: タンパク質 | 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#15: タンパク質 | 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#16: タンパク質 | 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#17: タンパク質 | 分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#18: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#19: タンパク質 | 分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#20: タンパク質 | 分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#21: タンパク質 | 分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#22: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#23: タンパク質 | 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
#24: タンパク質 | 分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
+60S Ribosomal protein ... , 33種, 33分子 BaBbBcBdBeBfBhBiBjBkBlBmBnBoBpB7BqBrBsBtBuBvB8BwBxByB9BzB2B3...
-タンパク質 , 1種, 1分子 Bg
#59: タンパク質 | 分子量: 34309.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis familiaris (イヌ) |
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-詳細
配列の詳細 | OPPOSING STRANDS OF RNA IN SOME EXPANSION SEGMENTS HAVE BEEN NUMBERED CONSECUTIVELY AND COULD ...OPPOSING STRANDS OF RNA IN SOME EXPANSION SEGMENTS HAVE BEEN NUMBERED CONSECUTIV |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 30mM Hepes, 50mM KAc, 10mM Mg acetate, 1.5% digitonin pH: 7.5 詳細: 30mM Hepes, 50mM KAc, 10mM Mg acetate, 1.5% digitonin | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: thin carbon film on copper 400 mesh grids | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: plunge freezing with a custom apparatus at 4C and RH greater than 90 percent |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2002年4月1日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 51000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction using phase flipping and setsf in EMAN to correct the amplitudes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 8.7 Å / 粒子像の数: 78800 / ピクセルサイズ(公称値): 2.73 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.73 Å 倍率補正: Used the 4.6A spacing of vermiculite as a standard 詳細: Refinements done in EMAN / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL Target criteria: Rigid body fitting and best visual fit using the program O for RNA. For the proteins DOPE score and other statistical techniques were used to evaluate the best fold and a local ...Target criteria: Rigid body fitting and best visual fit using the program O for RNA. For the proteins DOPE score and other statistical techniques were used to evaluate the best fold and a local exhaustive exploration of Euler angles was used to evaluate the best fit into the density. 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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