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- PDB-4uje: Regulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uje
タイトルRegulation of the mammalian elongation cycle by 40S subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 42
  • 18S Ribosomal RNA
  • 28S Ribosomal RNA
  • 5.8S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1
  • Messenger RNA
  • TRNA-LYS
  • TRNA-PHE
  • UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / MAMMALIAN 80S RIBOSOME / ELONGATION CYCLE / POST-TRANSLOCATIONAL STATE / TRNA SELECTION
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
BOS TAURUS (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Budkevich, T.V. / Giesebrecht, J. / Behrmann, E. / Loerke, J. / Ramrath, D.J.F. / Mielke, T. / Ismer, J. / Hildebrand, P. / Tung, C.-S. / Nierhaus, K.H. ...Budkevich, T.V. / Giesebrecht, J. / Behrmann, E. / Loerke, J. / Ramrath, D.J.F. / Mielke, T. / Ismer, J. / Hildebrand, P. / Tung, C.-S. / Nierhaus, K.H. / Sanbonmatsu, K.Y. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Regulation of the mammalian elongation cycle by subunit rolling: a eukaryotic-specific ribosome rearrangement.
著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa ...著者: Tatyana V Budkevich / Jan Giesebrecht / Elmar Behrmann / Justus Loerke / David J F Ramrath / Thorsten Mielke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Chang-Shung Tung / Knud H Nierhaus / Karissa Y Sanbonmatsu / Christian M T Spahn /
要旨: The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution ...The extent to which bacterial ribosomes and the significantly larger eukaryotic ribosomes share the same mechanisms of ribosomal elongation is unknown. Here, we present subnanometer resolution cryoelectron microscopy maps of the mammalian 80S ribosome in the posttranslocational state and in complex with the eukaryotic eEF1A⋅Val-tRNA⋅GMPPNP ternary complex, revealing significant differences in the elongation mechanism between bacteria and mammals. Surprisingly, and in contrast to bacterial ribosomes, a rotation of the small subunit around its long axis and orthogonal to the well-known intersubunit rotation distinguishes the posttranslocational state from the classical pretranslocational state ribosome. We term this motion "subunit rolling." Correspondingly, a mammalian decoding complex visualized in substates before and after codon recognition reveals structural distinctions from the bacterial system. These findings suggest how codon recognition leads to GTPase activation in the mammalian system and demonstrate that in mammalia subunit rolling occurs during tRNA selection.
履歴
登録2014年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4CXB, 4CXC, 4CXD, 4CXE / 詳細: supersedes the associated split entries
改定 1.12016年6月8日Group: Other / Source and taxonomy
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / em_3d_fitting ...atom_site / em_3d_fitting / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 3.02019年6月26日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2620
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AV: TRNA-LYS
AW: TRNA-PHE
AX: Messenger RNA
B1: 18S Ribosomal RNA
BA: 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA
BB: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
BC: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2
BD: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BE: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, Y ISOFORM 1
BF: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5
BG: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BH: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7
BI: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
BJ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BK: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BM: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BN: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BO: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BP: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BQ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BR: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BS: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BT: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BU: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20
BV: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21
BW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A
BX: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23
BY: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24
BZ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25
Ba: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26
Bb: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27
Bc: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28
Bd: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29
Be: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30
Bf: UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A
Bg: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1
CA: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8
CB: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3
CC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4
CD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
CE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6
CF: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
CG: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A
CH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
CI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
CJ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
CL: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13
CM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14
CN: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15
CO: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
CP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17
CQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18
CR: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19
CS: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A
CT: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
CU: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22
CV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23
CW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24
CX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A
CY: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26
CZ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27
Ca: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
Cb: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29
Cc: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
Cd: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
Ce: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
Cf: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A
Cg: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34
Ch: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35
Ci: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
Cj: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37
Ck: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38
Cl: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39
Cm: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
Cn: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41
Co: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
Cp: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A
Ct: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28
Cu: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A
A2: 28S Ribosomal RNA
A3: 5.8S Ribosomal RNA
A4: 5S Ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,858,79683
ポリマ－3,858,79683
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 AVAWAXB1A2A3A4

#1: RNA鎖 TRNA-LYS


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: FOR MODELING E.COLI TRNAPHE (CHAIN C, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED.
由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#2: RNA鎖 TRNA-PHE


分子量: 24599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: FOR MODELING E.COLI TRNAPHE (CHAIN D, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED.
由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: LIVER
#3: RNA鎖 Messenger RNA


分子量: 8527.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FOR MODELING MRNA (CHAIN 1, PDB ID CODE 3I8G) WAS USED.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#4: RNA鎖 18S Ribosomal RNA


分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#81: RNA鎖 28S Ribosomal RNA


分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#82: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA


分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#83: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

+
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBe

#5: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US2 / 37 KDA LAMININ RECEPTOR PRECURSOR / 37LRP / 37/67 KDA LAMININ RECEPTOR ...40S RIBOSOMAL PROTEIN US2 / 37 KDA LAMININ RECEPTOR PRECURSOR / 37LRP / 37/67 KDA LAMININ RECEPTOR / LRP/LR / 67 KDA LAMININ RECEPTOR / 67LR / COLON CARCINOMA LAMININ-BINDING PROTEIN / LAMININ RECEPTOR 1 / LAMR / LAMININ-BINDING PROTEIN PRECURSOR P40 / LBP/P40 / MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN MGR1-AG / NEM/1CHD4


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#6: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES1 / V-FOS TRANSFORMATION EFFECTOR PROTEIN / FTE-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#7: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US5 / PROTEIN LLREP3


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#8: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#9: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, Y ISOFORM 1 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES4


分子量: 29512.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#10: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#11: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES6 / PHOSPHOPROTEIN NP33


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#12: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#13: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#14: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#15: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#16: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#17: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#18: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#19: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#20: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US19 / RIG PROTEIN


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#21: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#22: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#23: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US13 / KE-3 / KE3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#24: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S19 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#25: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#26: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#27: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#28: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#29: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#30: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#31: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S26 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#32: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES27 / METALLOPAN-STIMULIN 1 / MPS-1


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#33: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S28 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#34: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S29 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN US14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#35: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

-
タンパク質 , 3種, 3分子 BfBgCm

#36: タンパク質 UBIQUITIN-40S RIBOSOMAL PROTEIN S27A / 40S RIBOSOMAL PROTEIN ES31 / UBIQUITIN CARBOXYL EXTENSION PROTEIN 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#37: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-2-LIKE 1 / CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 21 PROTEIN / GUANINE NUCLEO TIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-LIKE ...CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 21 PROTEIN / GUANINE NUCLEO TIDE-BINDING PROTEIN SUBUNIT BETA-LIKE PROTEIN 12.3 / HUMAN LUNG CA NCER ONCOGENE 7 PROTEIN / HLC-7 / RECEPTOR FOR ACTIVATED C KINASE / R ECEPTOR OF ACTIVATED PROTEIN KINASE C 1 / RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#75: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL40 / EP52 / UBIQUITIN A-52 RESIDUE RIBOSOMAL PROTEIN FUSION PRODUCT 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 CACBCCCDCECFCGCHCICJCLCMCNCOCPCQCRCSCTCUCVCWCXCYCZCaCbCcCdCe...

#38: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L8 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#39: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL3 / HIV-1 TAR RNA-BINDING PROTEIN B / TARBP-B


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#40: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#41: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6 / NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEM ENT- ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL6 / NEOPLASM-RELATED PROTEIN C140 / TAX-RESPONSIVE ENHANCER ELEM ENT-BINDING PROTEIN 107 / TAXREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#43: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#44: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL8 / PLA-X POLYPEPTIDE / SURFEIT LOCUS PROTEIN 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#45: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#46: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL16 / LAMININ RECEPTOR HOMOLOG / PROTEIN QM / TUMOR SUPPRESSOR QM


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#47: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL5 / CLL-ASSOCIATED ANTIGEN KW-12


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#48: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL13 / BREAST BASIC CONSERVED PROTEIN 1


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#49: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL14 / CAG-ISL 7


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#50: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#51: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL13 / 23 KDA HIGHLY BASIC PROTEIN


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#52: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL22 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#53: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#54: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#55: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#56: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#57: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22 / EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA- ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL22 / EBER-ASSOCIATED PROTEIN / EAP / EPSTEIN-BARR VIRUS SMALL RNA- ASSOCIATED PROTEIN / HEPARIN-BINDING PROTEIN HBP15


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#58: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL14 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#59: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL24 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#60: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#61: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#62: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#63: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#64: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL29 / CELL SURFACE HEPARIN-BINDING PROTEIN HIP


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#65: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#66: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#67: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#68: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL33 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 33 PROTEIN


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#69: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#70: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#71: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#72: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#73: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#74: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#76: タンパク質・ペプチド 60S RIBOSOMAL PROTEIN L41 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL41 / HG12


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#77: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 15 PROTEIN / ...60S RIBOSOMAL PROTEIN EL44 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44 / CELL GROWTH-INHIBITING GENE 15 PROTEIN / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 6 PROTEIN


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#78: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#79: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28 / 60S RIBOSOMAL PROTEIN EL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#80: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1 / CSA-19 / NEURAL PRECURSOR CELL EXPRESSED DEVELOPMENTALLY DOWN-REGULATED ...60S RIBOSOMAL PROTEIN UL1 / CSA-19 / NEURAL PRECURSOR CELL EXPRESSED DEVELOPMENTALLY DOWN-REGULATED PROTEIN 6 / NEDD-6


分子量: 23174.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: POST-TRANSLOCATIONAL RABBIT 80S RIBOSOME WITH TWO TRNAS AND MRNA BOUND
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20MM HEPES-KOH, 5MM MGCL2, 100 MM NH4CL, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL 0.8 MM SPERMIDINE, 0.6 MM SPERMINE
pH: 7.5
詳細: 20MM HEPES-KOH, 5MM MGCL2, 100 MM NH4CL, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL 0.8 MM SPERMIDINE, 0.6 MM SPERMINE
試料濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 80, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2008年6月2日 / 詳細: MINIMAL DOSE SYSTEM
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 65520 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 826
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SPARX３次元再構成
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUP
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 6.9 Å / 粒子像の数: 236113 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.26 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.26 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION WITH KNOWN STRUCTURE
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2620. (DEPOSITION ID: 12402).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--MDFIT
精密化最高解像度: 6.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3805 0 0 3805

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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