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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ujc | ||||||||||||
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タイトル | mammalian 80S HCV-IRES initiation complex with eIF5B POST-like state | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / TRANSLATION INITIATION / HEPATITIS C VIRUS INTERNAL RIBOSOME ENTRY SITE / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 5B | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | ||||||||||||
![]() | Yamamoto, H. / Unbehaun, A. / Loerke, J. / Behrmann, E. / Marianne, C. / Burger, J. / Mielke, T. / Spahn, C.M.T. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the mammalian 80S initiation complex with initiation factor 5B on HCV-IRES RNA. 著者: Hiroshi Yamamoto / Anett Unbehaun / Justus Loerke / Elmar Behrmann / Marianne Collier / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / ![]() 要旨: The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the ...The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the internal ribosomal entry site (IRES) of hepatitis C virus (HCV) RNA. eIF5B promotes joining of 60S ribosomal subunits to 40S ribosomal subunits bound by initiator tRNA (Met-tRNAi(Met)). However, the exact molecular mechanism by which eIF5B acts has not been established. Here we present cryo-EM reconstructions of the mammalian 80S-HCV-IRES-Met-tRNAi(Met)-eIF5B-GMPPNP complex. We obtained two substates distinguished by the rotational state of the ribosomal subunits and the configuration of initiator tRNA in the peptidyl (P) site. Accordingly, a combination of conformational changes in the 80S ribosome and in initiator tRNA facilitates binding of the Met-tRNAi(Met) to the 60S P site and redefines the role of eIF5B as a tRNA-reorientation factor. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 334.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 607 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 AAACA2A3A4C1
#1: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 162190.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: RNA鎖 | 分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: RNA鎖 | 分子量: 602776.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 ABBm
#2: タンパク質 | 分子量: 70788.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#44: タンパク質 | 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 42種, 42分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBe...
+40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 33種, 33分子 CACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCNCOCPCQCRCSCTCUCVCWCXCYCZCaCbCcCd...
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#84: 化合物 | ChemComp-GNP / |
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#85: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HCV-IRES 80S INITIATION COMPLEX WITH EIF5B POST- LIKE STATE タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20MM TRIS-HCL, 5MM MGCL2, 100MM KCL, 0.2MM SPERMIDINE, 2MM DTT pH: 7.6 詳細: 20MM TRIS-HCL, 5MM MGCL2, 100MM KCL, 0.2MM SPERMIDINE, 2MM DTT |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 93, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK I, METHOD- BLOT FOR 2-4 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2012年12月22日 / 詳細: AUTOMATED DATA COLLECTION USING LEGINON |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 115000 X / 倍率(補正後): 194805 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.5 Å / 粒子像の数: 541570 / ピクセルサイズ(公称値): 2.37 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.37 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2683. (DEPOSITION ID: 12564). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4CXC![]() 4cxc | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9.5 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9.5 Å
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