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万見
- PDB-4uif: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uif
タイトルCryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with antigen-binding fragments of human antibody 2D22
要素
  • ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
  • ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
  • DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
  • DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / DENGUE VIRUS / HUMAN ANTIBODY / CRYO-EM / NEUTRALIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Helicase, C-terminal / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E / Genome polyprotein / Core protein / IgG L chain
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, C, E, B, D, F, G, I, K, H, J, L
データ登録者Fibriansah, G. / Ibarra, K.D. / Ng, T.-S. / Smith, S.A. / Tan, J.L. / Lim, X.-N. / Ooi, J.S.G. / Kostyuchenko, V.A. / Wang, J. / de Silva, A.M. ...Fibriansah, G. / Ibarra, K.D. / Ng, T.-S. / Smith, S.A. / Tan, J.L. / Lim, X.-N. / Ooi, J.S.G. / Kostyuchenko, V.A. / Wang, J. / de Silva, A.M. / Harris, E. / Crowe Junior, J.E. / Lok, S.-M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: DENGUE VIRUS. Cryo-EM structure of an antibody that neutralizes dengue virus type 2 by locking E protein dimers.
著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / ...著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
要旨: There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. ...There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. We demonstrated that DENV serotype 2 (DENV2)-specific human monoclonal antibody (HMAb) 2D22 is therapeutic in a mouse model of antibody-enhanced severe dengue disease. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HMAb 2D22 complexed with two different DENV2 strains. HMAb 2D22 binds across viral envelope (E) proteins in the dimeric structure, which probably blocks the E protein reorganization required for virus fusion. HMAb 2D22 "locks" two-thirds of or all dimers on the virus surface, depending on the strain, but neutralizes these DENV2 strains with equal potency. The epitope defined by HMAb 2D22 is a potential target for vaccines and therapeutics.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_imaging / em_software / pdbx_struct_assembly
Item: _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min ..._em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _pdbx_struct_assembly.details
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2967
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2967
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
B: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
C: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
D: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
E: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
F: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
G: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
H: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
I: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
J: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
K: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
L: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,79112
ポリマ－264,79112
非ポリマー00
水00
1
A: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
B: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
C: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
D: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
E: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN
F: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN
G: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
H: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
I: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
J: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
K: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN
L: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,887,485720
ポリマ－15,887,485720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質 DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07 - ENVELOPE PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54258.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
株: PVP94 07
解説: THE CELLS WERE INFECTED WITH DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07
細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: AEDES ALBOPICTUS (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: D6MQ38, UniProt: E0WXJ2*PLUS
#2: タンパク質 DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN STRAIN PVP94 07 - MEMBRANE PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8109.491 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
株: PVP94 07
解説: THE CELLS WERE INFECTED WITH DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94 07
細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: AEDES ALBOPICTUS (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: E0WXJ3, UniProt: E0WXJ2*PLUS
#3: 抗体 ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - HEAVY CHAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13805.458 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: MEMORY B-CELLS
#4: 抗体 ANTIGEN-BINDING FRAGMENT OF HUMAN ANTIBODY 2D22 - LIGHT CHAIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12090.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: MEMORY B-CELLS / 参照: UniProt: S6BGD6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DENGUE VIRUS SEROTYPE 2 STRAIN PVP94-07 COMPLEXED WITH FAB FRAGMENTS OF HUMAN ANTIBODY 2D22.
タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 120 MM NACL AND 1 MM EDTA / pH: 8 / 詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 120 MM NACL AND 1 MM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOTTED WITH FILTER PAPER FOR 2 SECONDS PRIOR TO SNAP FREEZING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月5日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 94

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2NAMDモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4EMAN1３次元再構成
5EMAN2３次元再構成
6MPSA３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: CROSS-COMMON LINES / 解像度: 6.5 Å / 粒子像の数: 2485 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.688 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2967. (DEPOSITION ID: 13277).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: REAL-SPACE CORRELATION
詳細: METHOD--FLEXIBLE FITTING USING MDFF-NAMD REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM
原子モデル構築PDB-ID: 3J27

3j27


Accession code: 3J27 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 6.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 0 0 2394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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