[日本語] English
万見
- PDB-4c3g: cryo-EM structure of activated and oligomeric restriction endonuc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c3g
タイトルcryo-EM structure of activated and oligomeric restriction endonuclease SgrAI
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*CP *CP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP *CP*AP*CP*AP)-3'
  • SGRAIR RESTRICTION ENZYME
キーワードHYDROLASE / RESTRICTION ENDONUCLEASE / ALLOSTERY / DNA CLEAVAGE / PARASITE-HOST INTERACTION
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / identical protein binding / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / SgraIR restriction enzyme
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES GRISEUS (ストレプトマイシン生産菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B
データ登録者Lyumkis, D. / Talley, H. / Stewart, A. / Shah, S. / Park, C.K. / Tama, F. / Potter, C.S. / Carragher, B. / Horton, N.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Allosteric regulation of DNA cleavage and sequence-specificity through run-on oligomerization.
著者: Dmitry Lyumkis / Heather Talley / Andrew Stewart / Santosh Shah / Chad K Park / Florence Tama / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Nancy C Horton /
要旨: SgrAI is a sequence specific DNA endonuclease that functions through an unusual enzymatic mechanism that is allosterically activated 200- to 500-fold by effector DNA, with a concomitant expansion of ...SgrAI is a sequence specific DNA endonuclease that functions through an unusual enzymatic mechanism that is allosterically activated 200- to 500-fold by effector DNA, with a concomitant expansion of its DNA sequence specificity. Using single-particle transmission electron microscopy to reconstruct distinct populations of SgrAI oligomers, we show that in the presence of allosteric, activating DNA, the enzyme forms regular, repeating helical structures characterized by the addition of DNA-binding dimeric SgrAI subunits in a run-on manner. We also present the structure of oligomeric SgrAI at 8.6 Å resolution, demonstrating the conformational state of SgrAI in its activated form. Activated and oligomeric SgrAI displays key protein-protein interactions near the helix axis between its N termini, as well as allosteric protein-DNA interactions that are required for enzymatic activation. The hybrid approach reveals an unusual mechanism of enzyme activation that explains SgrAI's oligomerization and allosteric behavior.
履歴
登録2013年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Other
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32013年10月30日Group: Database references
改定 1.42017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2441
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2441
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SGRAIR RESTRICTION ENZYME
B: SGRAIR RESTRICTION ENZYME
C: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP *CP*AP*CP*AP)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*CP *CP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP *CP*AP*CP*AP)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*CP *CP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3106
ポリマ－100,3106
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 SGRAIR RESTRICTION ENZYME / SGRAI / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37884.855 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-338 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AN SGRAI DIMER. THE OLIGOMERIC HELIX IS FORMED FROM MULTIPLE COPIES OF SUCH SGRAI DIMERS BOUND TO DNA.
由来: (組換発現) STREPTOMYCES GRISEUS (ストレプトマイシン生産菌)
プラスミド: PET21A_SGRA1R / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9F6L0
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*TP *CP*AP*CP*AP)-3'


分子量: 5547.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 2 COPIES OF PRE-CLEAVED DNA CONTAINING STICKY ENDS AND THE SGRAI RECOGNITION SEQUENCE
由来: (合成) STREPTOMYCES GRISEUS (ストレプトマイシン生産菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*CP *CP*AP*CP*GP*CP*AP*TP*CP)-3'


分子量: 6722.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 2 COPIES OF PRE-CLEAVED DNA CONTAINING STICKY ENDS AND THE SGRAI RECOGNITION SEQUENCE
由来: (合成) STREPTOMYCES GRISEUS (ストレプトマイシン生産菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: HELICAL ASYMMETRIC UNIT OF AN SGRAI DNA-BOUND DIMER / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 150 MM NACL, 5 MM CA(OAC) 2, 0.5 MM DTT
pH: 8
詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 150 MM NACL, 5 MM CA(OAC) 2, 0.5 MM DTT
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: SPECIMENS WERE PREPARED FOR CRYO-EM BY APPLYING 3 MICROLITERS OF SAMPLE IN BINDING BUFFER TO A HOLEY CARBON C-FLAT GRID (CF-2- 2-400) (PROTOCHIPS, INC.) THAT HAD BEEN PLASMA CLEANED (GATAN, ...詳細: SPECIMENS WERE PREPARED FOR CRYO-EM BY APPLYING 3 MICROLITERS OF SAMPLE IN BINDING BUFFER TO A HOLEY CARBON C-FLAT GRID (CF-2- 2-400) (PROTOCHIPS, INC.) THAT HAD BEEN PLASMA CLEANED (GATAN, SOLARUS) FOR 5 SEC. THE SAMPLE WAS ALLOWED TO ADSORB TO THE GRID FOR 30 SEC., THEN PLUNGE-FROZEN INTO LIQUID ETHANE USING A MANUAL CRYO-PLUNGER AT 4 C.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年9月19日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 41000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 16 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
画像スキャンデジタル画像の数: 656
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1DireXモデルフィッティング
2FREALIGN３次元再構成
3Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL PARTICLES
3次元再構成手法: PROJECTION-MATCHING / 解像度: 8.6 Å / 粒子像の数: 1918 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.42 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.42 Å / 倍率補正: CATALASE CRYSTALS
詳細: WE FIRST CONDUCTED 25 ITERATIONS OF THE IHRSR ROUTINE TO REFINE THE FULL CRYODATA SET AND OBTAIN FINAL HELICAL PARAMETERS -- -86.2 HELICAL TWIST AND 21.6 A RISE. SUBSEQUENTLY, THE MODEL FROM ...詳細: WE FIRST CONDUCTED 25 ITERATIONS OF THE IHRSR ROUTINE TO REFINE THE FULL CRYODATA SET AND OBTAIN FINAL HELICAL PARAMETERS -- -86.2 HELICAL TWIST AND 21.6 A RISE. SUBSEQUENTLY, THE MODEL FROM IHRSR WAS USED FOR REFINEMENT IN FREALIGN SPECIFYING DIFFERENT DOSE- -FRACTIONATED STACKS FOR THE REFINEMENT (32 E- PER A2) AND RECONSTRUCTION (16 E- PER A2) ROUTINES. THE FINAL RECONSTRUCTION WAS OBTAINED FROM 1,918 FILAMENT SEGMENTS, AVERAGED 8 TIMES TO ACCOUNT FOR THE HELICAL SYMMETRY BASES WERE OMITTED FROM THE FITTED DNA. ONLY THE PHOSPHATE-SUGAR BACKBONE IS SHOWN. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2441. (DEPOSITION ID: 11901).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--DIREX REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE
原子モデル構築PDB-ID: 3DVO

3dvo


Accession code: 3DVO / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 8.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数666 868 0 0 1534

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る