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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jcm | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / U4/U6.U5 tri-snRNP / pre-mRNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / poly(U) RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / tRNA processing / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / RNA helicase / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Wan, R. / Yan, C. / Bai, R. / Wang, L. / Huang, M. / Wong, C.C. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 3.8 Å structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis. 著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Lin Wang / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi / ![]() 要旨: Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which ...Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which comprises the U5 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), the U4 and U6 small nuclear RNA (snRNA) duplex, and a number of protein factors. Here we report the three-dimensional structure of a Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at an overall resolution of 3.8 angstroms by single-particle electron cryomicroscopy. The local resolution for the core regions of the tri-snRNP reaches 3.0 to 3.5 angstroms, allowing construction of a refined atomic model. Our structure contains U5 snRNA, the extensively base-paired U4/U6 snRNA, and 30 proteins including Prp8 and Snu114, which amount to 8495 amino acids and 263 nucleotides with a combined molecular mass of ~1 megadalton. The catalytic nucleotide U80 from U6 snRNA exists in an inactive conformation, stabilized by its base-pairing interactions with U4 snRNA and protected by Prp3. Pre-messenger RNA is bound in the tri-snRNP through base-pairing interactions with U6 snRNA and loop I of U5 snRNA. This structure, together with that of the spliceosome, reveals the molecular choreography of the snRNAs in the activation process of the spliceosomal ribozyme. | ||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 231.6 KB | 表示 | |
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アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6561MC ![]() 6562MC ![]() 6563MC ![]() 6564MC ![]() 6565MC ![]() 6566MC ![]() 6567MC ![]() 6568MC ![]() 6569MC ![]() 6570MC ![]() 6571MC ![]() 6572MC ![]() 6573MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 3種, 3分子 AGH
#1: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: PRP8 / 株: S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: PRP6 / 株: S288c / 参照: UniProt: P19735 |
#8: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SNU114 / 株: S288c / 参照: UniProt: P36048 |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 BK
#2: タンパク質 | 分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: PRP4 / 株: S288c / 参照: UniProt: P20053 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: PRP3 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q03338 |
-タンパク質 , 5種, 6分子 ILMNSO
#3: タンパク質 | 分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: PRP31 / 株: S288c / 参照: UniProt: P49704 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: DIB1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06819 |
#7: タンパク質 | 分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SNU13 / 株: S288c / 参照: UniProt: P39990 |
#9: タンパク質 | 分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: BRR2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase |
#11: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMB1 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 RJTPUQVYWZXa
#10: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMD3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P43321 #12: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMD1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q02260 #13: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMD2 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06217 #14: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SME1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q12330 #15: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMX3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P54999 #16: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: SMX2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40204 |
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-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 bcdefgh
#17: タンパク質 | 分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM8 / 株: S288c / 参照: UniProt: P47093 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P38203 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P57743 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM6 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06406 |
#21: タンパク質 | 分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM5 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40089 |
#22: タンパク質 | 分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM7 / 株: S288c / 参照: UniProt: P53905 |
#23: タンパク質 | 分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: LSM4 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40070 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF
#24: RNA鎖 | 分子量: 6425.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#25: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: GenBank: 831416131 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 51186.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: GenBank: 831416092 |
#27: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: GenBank: 831416109 |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/M7M.gif)
![](data/chem/img/M7M.gif)
#28: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#29: 化合物 | ChemComp-M7M / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: COMPLEX |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN / 日付: 2015年8月8日 |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172134 / ピクセルサイズ(実測値): 1.32 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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