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万見
- PDB-3j9b: Electron cryo-microscopy of an RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9b
タイトルElectron cryo-microscopy of an RNA polymerase
要素
  • Polymerase
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN/TRANSFERASE/RNA / Influenza RdRP / single particle reconstitution / replication / RNA BINDING PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chang, S.H. / Sun, D.P. / Liang, H.H. / Wang, J. / Li, J. / Guo, L. / Wang, X.L. / Guan, C.C. / Boruah, B.M. / Yuan, L.M. ...Chang, S.H. / Sun, D.P. / Liang, H.H. / Wang, J. / Li, J. / Guo, L. / Wang, X.L. / Guan, C.C. / Boruah, B.M. / Yuan, L.M. / Feng, F. / Yang, M.R. / Wojdyla, J. / Wang, J.W. / Wang, M.T. / Wang, H.W. / Liu, Y.F.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structure of influenza virus RNA polymerase complex at 4.3 Å resolution.
著者: Shenghai Chang / Dapeng Sun / Huanhuan Liang / Jia Wang / Jun Li / Lu Guo / Xiangli Wang / Chengcheng Guan / Bhargavi M Boruah / Lingmin Yuan / Feng Feng / Mingrui Yang / Lulan Wang / Yao ...著者: Shenghai Chang / Dapeng Sun / Huanhuan Liang / Jia Wang / Jun Li / Lu Guo / Xiangli Wang / Chengcheng Guan / Bhargavi M Boruah / Lingmin Yuan / Feng Feng / Mingrui Yang / Lulan Wang / Yao Wang / Justyna Wojdyla / Lanjuan Li / Jiawei Wang / Meitian Wang / Genhong Cheng / Hong-Wei Wang / Yingfang Liu /
要旨: Replication and transcription of influenza virus genome mainly depend on its RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), composed of the PA, PB1, and PB2 subunits. Although extensively studied, the ...Replication and transcription of influenza virus genome mainly depend on its RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), composed of the PA, PB1, and PB2 subunits. Although extensively studied, the underlying mechanism of the RdRP complex is still unclear. Here we report the biochemical characterization of influenza RdRP subcomplex comprising PA, PB1, and N terminus of PB2, which exist as dimer in solution and can assemble into a tetramer state, regulated by vRNA promoter. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have reconstructed the RdRP tetramer complex at 4.3 Å, highlighting the assembly and interfaces between monomers within the tetrameric structure. The individual RdRP subcomplex contains all the characterized motifs and appears as a cage-like structure. High-throughput mutagenesis profiling revealed that residues involved in the oligomer state formation are critical for viral life cycle. Our results lay a solid base for understanding the mechanism of replication of influenza and other negative-stranded RNA viruses.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: cell / database_2 ...cell / database_2 / diffrn / em_image_scans / em_software / entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6202
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
H: Polymerase
I: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
J: Polymerase basic protein 2
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
E: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')
K: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
L: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,77010
ポリマ－208,77010
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AHBICJ

#1: タンパク質 Polymerase


分子量: 56930.676 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 203-716 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/goose/Guangdong/3/1997(H5N1) / 遺伝子: PA / Cell (発現宿主): insect cell / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91R78
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 38085.730 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-641 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: PB1 / Cell (発現宿主): insect cell / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Q0V0, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Goose/Guangdong/1/1996 H5N1 genotype Gs/Gd / 遺伝子: PB2 / Cell (発現宿主): insect cell / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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RNA鎖 , 3種, 4分子 DKEL

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) synthetic construct (人工物)
#5: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3')


分子量: 1815.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) synthetic construct (人工物)
#6: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (天然) synthetic construct (人工物)

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詳細

配列の詳細THE AUTHOR KNOWS THE SEQUENCE OF CHAINS A/H, B/I AND C/J, BUT IS UNSURE OF THE COORDINATES ...THE AUTHOR KNOWS THE SEQUENCE OF CHAINS A/H, B/I AND C/J, BUT IS UNSURE OF THE COORDINATES ALIGNMENT WITH THE SEQUENCE. THESE CHAINS INCLUDE MISSING RESIDUES DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY. THE AUTHOR STATES THAT THE ONE LETTER CODE SEQUENCES ARE AS FOLLOWS. (1) CHAIN A/H: THE SEQUENCE DATABASE IS RESIDUES 203-716 OF UNP Q91R78. ERFEITGTMCRLADQSLPPNFSSLEKFRAYVDGFEPNGCIEGKLSQMSKEVNARIE PFLK TTPRPLRLPDGPPCSQRSKFLLMDALKLSIEDPSHEGEGIPLYDAIKCMKTFFGWKEPNI VKPHEKGINPNYLLAWKQVLAELQDIENEEKIPKTKNMRKTSQLKWALGENMAPEKVDFE DCKDVSDLRQYDSDEPKPRSLASWIQSEFNKACELTDSSWIELDEIGEDVAPIEHIASMR RNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNASCAAMDDFQLIPMISKCRTKEGRRKTNLYG FIIKGRSHLRNDTDVVNFVSMEFSLTDPRLEPHKWEKYCVLEIGDMLLRTAIGQVSRPMF LYVRANGTSKIKMKWGMEMRRCLLQSLQQIESMIEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIG ESPKGMEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIVQALRDNLEPGTFD LGGLYEAIEECLINDPWVLLNASWFNSFLTHALK (2) CHAIN B/I: THE SEQUENCE DATABASE IS RESIDUES 1-641 OF UNP Q9Q0V0. MDVNPTLLFLKVPAQNAISTTFPY TGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTE TGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEVVQQTRVD KLTQGRQTYDWTLKRNQPAATALANTIEVFRSNGLTANESGRLIDFLKDVMESMDKGEME IITHFQRKRRVRDNMTKKMVTQRTIGKKKQRLNKRSYLIRALTLNTMTKDAERGKLKRRA IATPGMQIRGFVYFVETLARSICEKLEQSGLPVGGNEKKAKLANVVRKMMTNSQDTELSF TITGDNTKWNENQNPRMFLAMITYITRNQPEWFRNVLSIAPIMFSNKMARLGKGYMFESK SMKLRTQIPAEMLASIDLKYFNESTRKKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLG VSILNLGQKRYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIEAGVDRFYRTCKLVGINMTKK KSYINRTGTCEFTSFFYRYGFVANFSMELPSFGVSGINESADMSIGVTVIKNNMMDNDLG PATAQMALQLFIKDYRYPYRCHRGDTQIQTRRSFELKKLWEQTRSKAGLLVSDGGPNPYN IRNLHIPEAGLKWELMDEDYQGRLCNPLNPFVSHKEIESVN (3) CHAIN C/J: THE SEQUENCE DATABASE IS RESIDUES 1-130 OF UNP Q9Q0V1. MERIKELRDLMSQSRTREILTKTTVDHMAIIKKYTSGRQEKNPALRMKWMMAMKYPITAD KRIMEMIPERNEQGQTLWSKTNDAGSDRVMVSPLAVTWWNRNGPTTSTVHYPKVYKTYFE KVERLKHGTF

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dimeric Influenza Virus RNA Polymerase / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil Cu R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
手法: The grids were blotted for 6.5 s with 100% humidity and flash frozen in liquid ethane cooled at liquid nitrogen temperature using an FEI Vitrobot.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN2３次元再構成
3RELION３次元再構成
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67066 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body
原子モデル構築PDB-ID: 3CM8

3cm8


Accession code: 3CM8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12432 422 0 0 12854

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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