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- PDB-2xzb: Pig Gastric H,K-ATPase with bound BeF and SCH28080 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xzb
タイトルPig Gastric H,K-ATPase with bound BeF and SCH28080
要素
  • POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE ALPHA CHAIN 1
  • POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE SUBUNIT BETA
キーワードHYDROLASE / ION PUMP / H/K-ATPASE / P-TYPE ATPASE / MEMBRANE PROTEIN / BERYLLIUM FLUORIDE / ATP-BINDING / ACID SUPPRESSANT
機能・相同性
機能・相同性情報


H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / : / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase ...Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / : / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium-transporting ATPase subunit beta / Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Abe, K. / Tani, K. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: Conformational rearrangement of gastric H(+),K(+)-ATPase induced by an acid suppressant.
著者: Kazuhiro Abe / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Acid-related gastric diseases are associated with disorder of digestive tract acidification. The gastric proton pump, H(+),K(+)-ATPase, exports H(+) in exchange for luminal K(+) to generate a highly ...Acid-related gastric diseases are associated with disorder of digestive tract acidification. The gastric proton pump, H(+),K(+)-ATPase, exports H(+) in exchange for luminal K(+) to generate a highly acidic environment in the stomach, and is a main target for acid suppressants. Here, we report the three-dimensional structure of gastric H(+),K(+)-ATPase with bound SCH28080, a representative K(+)-competitive acid blocker, at 7 Å resolution based on electron crystallography of two-dimensional crystals. The density of the bound SCH28080 is found near transmembrane (TM) helices 4, 5 and 6, in the luminal cavity. The SCH28080-binding site is formed by the rearrangement of TM helices, which is in turn transmitted to the cytoplasmic domains, resulting in a luminal-open conformation. These results represent the first structural evidence for a binding site of an acid suppressant on H(+),K(+)-ATPase, and the conformational change induced by this class of drugs.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Other / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Other
改定 1.32020年9月16日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation / em_image_scans ...diffrn_radiation / em_image_scans / em_single_particle_entity / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1831
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1831
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE ALPHA CHAIN 1
B: POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE SUBUNIT BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5142
ポリマ－147,5142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.900, 111.300, 320.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE ALPHA CHAIN 1 / H\ / K-ATPASE / GASTRIC H(+)/K(+) ATPASE SUBUNIT ALPHA / PROTON PUMP


分子量: 114399.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: STOMACH / 参照: UniProt: P19156, H+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 POTASSIUM-TRANSPORTING ATPASE SUBUNIT BETA / H\ / K-ATPASE / GASTRIC H(+)/K(+) ATPASE SUBUNIT BETA / PROTON PUMP BETA CHAIN / GP60-90


分子量: 33113.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: STOMACH / 参照: UniProt: P18434, H+/K+-exchanging ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 515
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Gastric H,K-ATPase with bound BeF and SCH28080 / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 5.5
詳細: 20mM MES, 20mM Mg(CH3COO)2, 5mM ATP, 10%(v/v) glycerol, 3mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: REICHERT-JUNG PLUNGER / 凍結剤: NITROGEN
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL KYOTO-3000SFF / 日付: 2010年3月29日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 40000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4130 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 580 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
回折平均測定温度: 4.5 K
検出器日付: 2010年3月29日
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1
反射解像度: 7→140.9 Å / Num. obs: 6801 / 冗長度: 12.9 %

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解析

ソフトウェア名称: MRC / 分類: データスケーリング
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: OTHER / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化解像度: 7→129 Å / Num. reflection obs: 6801 / σ(F): 0
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1831.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8983 0 0 0 8983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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