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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9907 | |||||||||
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タイトル | RdRp complex | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cypovirus / Transcription / RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cypovirus 1 (サポウイルス 1) / Cypovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Li XW | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structure of RdRps Within a Transcribing dsRNA Virus Provides Insights Into the Mechanisms of RNA Synthesis. 著者: Xiaowu Li / Li Wang / Xurong Wang / Wenyuan Chen / Tao Yang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / 要旨: RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for ...RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for subsequent processive RNA elongation. Here, we present the structure of the RdRp complexes in the dinucleotide primed state in situ within a transcribing cypovirus under near physiological conditions using cryo-electron microscopy. The 3' end of RNA templates, paired RNA dinucleotide primer, incoming nucleotide, and catalytic divalent cations in the RdRp were resolved at 3.8 Å resolution. The end of the RNA template and the dinucleotide is buttressed by the aromatic tyrosine in a loop from the RdRp bracelet domain. Our structure reveals the interactions between the nucleotide substrates and the conserved residues during the RdRp initiation, and the coordinated structural changes preceding the elongation stage. In addition, it provides the direct evidence for existence of the slow step of the dinucleotide primed state in the viral RdRp transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9907.map.gz | 40.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9907-v30.xml emd-9907.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9907.png | 135.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9907.cif.gz | 7.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9907 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9907_validation.pdf.gz | 814.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9907_full_validation.pdf.gz | 813.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9907_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9907_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 43.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cypovirus
+超分子 #1: Cypovirus
+分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase
+分子 #2: Viral structural protein 4
+分子 #5: VP1
+分子 #6: VP1
+分子 #7: VP1
+分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')
+分子 #4: RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: 7-METHYLGUANOSINE
+分子 #10: DIPHOSPHATE
+分子 #11: 2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate)
+分子 #12: URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100000 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |