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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9297 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 | ||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6, primary map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / ion binding / response to stimulus / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / entrainment of circadian clock by photoperiod ...3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / ion binding / response to stimulus / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / entrainment of circadian clock by photoperiod / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / visual perception / cAMP-mediated signaling / photoreceptor disc membrane / retina development in camera-type eye / molecular adaptor activity / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gulati S / Palczewski K / Kovacik L / Stahlberg H | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 reveals insights into the allosteric regulation of type I phosphodiesterases. 著者: Sahil Gulati / Krzysztof Palczewski / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Lubomir Kovacik / 要旨: Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) work in conjunction with adenylate/guanylate cyclases to regulate the key second messengers of G protein-coupled receptor signaling. Previous attempts to ...Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) work in conjunction with adenylate/guanylate cyclases to regulate the key second messengers of G protein-coupled receptor signaling. Previous attempts to determine the full-length structure of PDE family members at high-resolution have been hindered by structural flexibility, especially in their linker regions and N- and C-terminal ends. Therefore, most structure-activity relationship studies have so far focused on truncated and conserved catalytic domains rather than the regulatory domains that allosterically govern the activity of most PDEs. Here, we used single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the full-length PDE6αβ2γ complex. The final density map resolved at 3.4 Å reveals several previously unseen structural features, including a coiled N-terminal domain and the interface of PDE6γ subunits with the PDE6αβ heterodimer. Comparison of the PDE6αβ2γ complex with the closed state of PDE2A sheds light on the conformational changes associated with the allosteric activation of type I PDEs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9297.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9297-v30.xml emd-9297.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9297.png | 157.1 KB | ||
マスクデータ | emd_9297_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9297 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9297_validation.pdf.gz | 371.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9297_full_validation.pdf.gz | 370.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9297_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9297_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9297 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6mzbMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10228 (タイトル: Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6 reveals insights into the allosteric regulation of type I phosphodiesterases Data size: 166.3 Data #1: Aligned micrographs of Phosphodiesterase 6 [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of phosphodiesterase 6, primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9297_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Phosphodiesterase 6
全体 | 名称: Phosphodiesterase 6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Phosphodiesterase 6
超分子 | 名称: Phosphodiesterase 6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta
分子 | 名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina |
分子量 | 理論値: 98.449648 KDa |
組換発現 | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
配列 | 文字列: MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT ...文字列: MSLSEGQVHR FLDQNPGFAD QYFGRKLSPE DVANACEDGC PEGCTSFREL CQVEESAALF ELVQDMQENV NMERVVFKIL RRLCSILHA DRCSLFMYRQ RNGVAELATR LFSVQPDSVL EDCLVPPDSE IVFPLDIGVV GHVAQTKKMV NVQDVMECPH F SSFADELT DYVTRNILAT PIMNGKDVVA VIMAVNKLDG PCFTSEDEDV FLKYLNFGTL NLKIYHLSYL HNCETRRGQV LL WSANKVF EELTDIERQF HKAFYTVRAY LNCDRYSVGL LDMTKEKEFF DVWPVLMGEA QAYSGPRTPD GREILFYKVI DYI LHGKED IKVIPSPPAD HWALASGLPT YVAESGFICN IMNAPADEMF NFQEGPLDDS GWIVKNVLSM PIVNKKEEIV GVAT FYNRK DGKPFDEQDE VLMESLTQFL GWSVLNTDTY DKMNKLENRK DIAQDMVLYH VRCDREEIQL ILPTRERLGK EPADC EEDE LGKILKEVLP GPAKFDIYEF HFSDLECTEL ELVKCGIQMY YELGVVRKFQ IPQEVLVRFL FSVSKGYRRI TYHNWR HGF NVAQTMFTLL MTGKLKSYYT DLEAFAMVTA GLCHDIDHRG TNNLYQMKSQ NPLAKLHGSS ILERHHLEFG KFLLSEE TL NIYQNLNRRQ HEHVIHLMDI AIIATDLALY FKKRTMFQKI VDESKNYEDR KSWVEYLSLE TTRKEIVMAM MMTACDLS A ITKPWEVQSK VALLVAAEFW EQGDLERTVL DQQPIPMMDR NKAAELPKLQ VGFIDFVCTF VYKEFSRFHE EILPMFDRL QNNRKEWKAL ADEYEAKVKA LEEDQKKETT AKKVGTEICN GGPAPRSSTC RIL |
-分子 #2: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha
分子 | 名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina |
分子量 | 理論値: 99.461789 KDa |
組換発現 | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
配列 | 文字列: MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT ...文字列: MGEVTAEEVE KFLDSNVSFA KQYYNLRYRA KVISDLLGPR EAAVDFSNYH ALNSVEESEI IFDLLRDFQD NLQAEKCVFN VMKKLCFLL QADRMSLFMY RARNGIAELA TRLFNVHKDA VLEECLVAPD SEIVFPLDMG VVGHVALSKK IVNVPNTEED E HFCDFVDT LTEYQTKNIL ASPIMNGKDV VAIIMVVNKV DGPHFTENDE EILLKYLNFA NLIMKVFHLS YLHNCETRRG QI LLWSGSK VFEELTDIER QFHKALYTVR AFLNCDRYSV GLLDMTKQKE FFDVWPVLMG EAPPYAGPRT PDGREINFYK VID YILHGK EDIKVIPNPP PDHWALVSGL PTYVAQNGLI CNIMNAPSED FFAFQKEPLD ESGWMIKNVL SMPIVNKKEE IVGV ATFYN RKDGKPFDEM DETLMESLTQ FLGWSVLNPD TYELMNKLEN RKDIFQDMVK YHVKCDNEEI QTILKTREVY GKEPW ECEE EELAEILQGE LPDADKYEIN KFHFSDLPLT ELELVKCGIQ MYYELKVVDK FHIPQEALVR FMYSLSKGYR RITYHN WRH GFNVGQTMFS LLVTGKLKRY FTDLEALAMV TAAFCHDIDH RGTNNLYQMK SQNPLAKLHG SSILERHHLE FGKTLLR DE SLNIFQNLNR RQHEHAIHMM DIAIIATDLA LYFKKRTMFQ KIVDQSKTYE TQQEWTQYMM LDQTRKEIVM AMMMTACD L SAITKPWEVQ SKVALLVAAE FWEQGDLERT VLQQNPIPMM DRNKADELPK LQVGFIDFVC TFVYKEFSRF HEEITPMLD GITNNRKEWK ALADEYETKM KGLEEEKQKQ QAANQAAAGS QHGGKQPGGG PASKSCCVQ |
-分子 #3: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiestera...
分子 | 名称: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina |
分子量 | 理論値: 9.684229 KDa |
組換発現 | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
配列 | 文字列: MNLEPPKAEI RSATRVMGGP VTPRKGPPKF KQRQTRQFKS KPPKKGVQGF GDDIPGMEGL GTDITVICPW EAFNHLELHE LAQYGII |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 35G |
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分子量 | 理論値: 345.205 Da |
Chemical component information | ChemComp-35G: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43597 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |