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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8642 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of Hrd3 filtering to 3.9A and applied with -180 b-factor | |||||||||
試料 |
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キーワード | Hrd3 ERAD / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-M complex / detection of unfolded protein / luminal surveillance complex / Hrd1p ubiquitin ligase complex / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / negative regulation of protein autoubiquitination / retrograde protein transport, ER to cytosol / ERAD pathway / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Mi W / Schoebel S | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the protein-conducting ERAD channel Hrd1 in complex with Hrd3. 著者: Stefan Schoebel / Wei Mi / Alexander Stein / Sergey Ovchinnikov / Ryan Pavlovicz / Frank DiMaio / David Baker / Melissa G Chambers / Huayou Su / Dongsheng Li / Tom A Rapoport / Maofu Liao / 要旨: Misfolded endoplasmic reticulum proteins are retro-translocated through the membrane into the cytosol, where they are poly-ubiquitinated, extracted from the membrane, and degraded by the proteasome-a ...Misfolded endoplasmic reticulum proteins are retro-translocated through the membrane into the cytosol, where they are poly-ubiquitinated, extracted from the membrane, and degraded by the proteasome-a pathway termed endoplasmic reticulum-associated protein degradation (ERAD). Proteins with misfolded domains in the endoplasmic reticulum lumen or membrane are discarded through the ERAD-L and ERAD-M pathways, respectively. In Saccharomyces cerevisiae, both pathways require the ubiquitin ligase Hrd1, a multi-spanning membrane protein with a cytosolic RING finger domain. Hrd1 is the crucial membrane component for retro-translocation, but it is unclear whether it forms a protein-conducting channel. Here we present a cryo-electron microscopy structure of S. cerevisiae Hrd1 in complex with its endoplasmic reticulum luminal binding partner, Hrd3. Hrd1 forms a dimer within the membrane with one or two Hrd3 molecules associated at its luminal side. Each Hrd1 molecule has eight transmembrane segments, five of which form an aqueous cavity extending from the cytosol almost to the endoplasmic reticulum lumen, while a segment of the neighbouring Hrd1 molecule forms a lateral seal. The aqueous cavity and lateral gate are reminiscent of features of protein-conducting conduits that facilitate polypeptide movement in the opposite direction-from the cytosol into or across membranes. Our results suggest that Hrd1 forms a retro-translocation channel for the movement of misfolded polypeptides through the endoplasmic reticulum membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8642.map.gz | 25 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8642-v30.xml emd-8642.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8642_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8642.png | 46.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8642.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_8642_additional.map.gz | 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8642 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8642_validation.pdf.gz | 569.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8642_full_validation.pdf.gz | 568.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8642_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8642_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of Hrd3 filtering to 3.9A and applied with -180 b-factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: CryoEM map of Hrd3 without filtering or amplitude modification
ファイル | emd_8642_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM map of Hrd3 without filtering or amplitude modification | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hrd1/Hrd3 complex
全体 | 名称: Hrd1/Hrd3 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Hrd1/Hrd3 complex
超分子 | 名称: Hrd1/Hrd3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
-分子 #1: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3
分子 | 名称: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 93.759156 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MITLLLYLCV ICNAIVLIRA DSIADPWPEA RHLLNTIAKS RDPMKEAAME PNADEFVGFY VPMDYSPRNE EKNYQSIWQN EITDSQRHI YELLVQSSEQ FNNSEATYTL SQIHLWSQYN FPHNMTLAHK YLEKFNDLTH FTNHSAIFDL AVMYATGGCA S GNDQTVIP ...文字列: MITLLLYLCV ICNAIVLIRA DSIADPWPEA RHLLNTIAKS RDPMKEAAME PNADEFVGFY VPMDYSPRNE EKNYQSIWQN EITDSQRHI YELLVQSSEQ FNNSEATYTL SQIHLWSQYN FPHNMTLAHK YLEKFNDLTH FTNHSAIFDL AVMYATGGCA S GNDQTVIP QDSAKALLYY QRAAQLGNLK AKQVLAYKYY SGFNVPRNFH KSLVLYRDIA EQLRKSYSRD EWDIVFPYWE SY NVRISDF ESGLLGKGLN SVPSSTVRKR TTRPDIGSPF IAQVNGVQMT LQIEPMGRFA FNGNDGNING DEDDEDASER RII RIYYAA LNDYKGTYSQ SRNCERAKNL LELTYKEFQP HVDNLDPLQV FYYVRCLQLL GHMYFTGEGS SKPNIHMAEE ILTT SLEIS RRAQGPIGRA CIDLGLINQY ITNNISQAIS YYMKAMKTQA NNGIVEFQLS KLATSFPEEK IGDPFNLMET AYLNG FIPA IYEFAVMIES GMNSKSSVEN TAYLFKTFVD KNEAIMAPKL RTAFAALIND RSEVALWAYS QLAEQGYETA QVSAAY LMY QLPYEFEDPP RTTDQRKTLA ISYYTRAFKQ GNIDAGVVAG DIYFQMQNYS KAMALYQGAA LKYSIQAIWN LGYMHEH GL GVNRDFHLAK RYYDQVSEHD HRFYLASKLS VLKLHLKSWL TWITREKVNY WKPSSPLNPN EDTQHSKTSW YKQLTKIL Q RMRHKEDSDK AAEDSHKHRT VVQNGANHRG DDQEEASEIL GFQMEDGGGE NLYFQSGGGM DEKTTGWRGG HVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREP UniProtKB: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 82.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |