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万見
- EMDB-8144: Faustovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8144
タイトルFaustovirus
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Faustovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
キーワードvirus / double jelly-roll
機能・相同性Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Putative major capsid protein p72
機能・相同性情報
生物種Faustovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.5 Å
データ登録者Klose T / Rossmann MG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Structure of faustovirus, a large dsDNA virus.
著者: Thomas Klose / Dorine G Reteno / Samia Benamar / Adam Hollerbach / Philippe Colson / Bernard La Scola / Michael G Rossmann /
要旨: Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that ...Many viruses protect their genome with a combination of a protein shell with or without a membrane layer. Here we describe the structure of faustovirus, the first DNA virus (to our knowledge) that has been found to use two protein shells to encapsidate and protect its genome. The crystal structure of the major capsid protein, in combination with cryo-electron microscopy structures of two different maturation stages of the virus, shows that the outer virus shell is composed of a double jelly-roll protein that can be found in many double-stranded DNA viruses. The structure of the repeating hexameric unit of the inner shell is different from all other known capsid proteins. In addition to the unique architecture, the region of the genome that encodes the major capsid protein stretches over 17,000 bp and contains a large number of introns and exons. This complexity might help the virus to rapidly adapt to new environments or hosts.
履歴
登録2016年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月20日-
マップ公開2016年5月18日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5j7v
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5j7v
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8144.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.58 Å/pix.
x 400 pix.
= 3032. Å		7.58 Å/pix.
x 400 pix.
= 3032. Å		7.58 Å/pix.
x 400 pix.
= 3032. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.0 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-42.700462000000002 - 49.291285999999999
平均 (標準偏差)0.53756297 (±4.6943564)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 3032.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.587.587.58
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3032.0003032.0003032.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-42.70049.2910.538

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Faustovirus

全体名称: Faustovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Faustovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein

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超分子 #1: Faustovirus

超分子名称: Faustovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1477405 / 生物種: Faustovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Vermamoeba vermiformis (真核生物) / 株: CDC 19
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: outer capsid shell / 直径: 2600.0 Å / T番号(三角分割数): 277
ウイルス殻Shell ID: 2 / 名称: inner capsid shell / 直径: 1900.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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分子 #1: major capsid protein

分子名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Faustovirus (ウイルス)
分子量理論値: 71.781891 KDa
配列文字列: EAGGVFKLIA NDGKADRMIM ANDLLNDRIK SIMCLRAKQG FSDPTPTLVD IERTHILLIN SHYKPFAAMG YEYQKTRPNT GNPTYNSTI QFSIPQFGDF FSDMVVHVQL AATSASAGTV PALPAFIGAD DQVLTSTSVV SATENTTSGV YTLYTQSYVN Q QGTTQTVA ...文字列:
EAGGVFKLIA NDGKADRMIM ANDLLNDRIK SIMCLRAKQG FSDPTPTLVD IERTHILLIN SHYKPFAAMG YEYQKTRPNT GNPTYNSTI QFSIPQFGDF FSDMVVHVQL AATSASAGTV PALPAFIGAD DQVLTSTSVV SATENTTSGV YTLYTQSYVN Q QGTTQTVA AAATNFVRYC EYPGLRLFKR VKFEVNGNPL DEYTALAAIM YNKFHVPDFK LTGWKRLIGQ EVPVEAASNL VN IASTTPW GSPIVALSDV NGTAVTGSPV NAAITARKLT QVVFGAQTPK ATQEQLNMFV PLLFWFRDPR LAIASVSIPY GQR FITVDI EQQSNILFTA PGNLFLQTTV ETLLTTGAGK GTATGVLLTQ YNRYTTYTPT LASGSSIDGT QAVQNIELYI NNIF VTPEI HDIYIKRIGF TLIRVYREQV QREVNAADQV LQSQLKWPVE FIYLGLRPAN NIAAGNTYQW RDWHHLTSVT NEPVY DVSQ SYARVSIDDT VAPVGSTTFK QSASQVMQNQ YIVPVETETL DTVRVKAHGI ELYAQYRAQF YRDYIPWNYG SFNLVT PQD KGALFLNFCL YPGTYQPSGH VNISRAREFY IEYTSSFCDS SNPCDLISIA KCINFLLISD GSAVLRYSTK EFYLQCL IL RCI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Random angle assignment
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 9640
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5j7o

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5j7o

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5j7o

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5j7v:
Faustovirus major capsid protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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