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- EMDB-7883: Full-length 5-HT3A receptor in a serotonin-bound conformation- State 2 -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7883 | ||||||||||||
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タイトル | Full-length 5-HT3A receptor in a serotonin-bound conformation- State 2 | ||||||||||||
![]() | serotonin bound 5HT3A receptor (state 2) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å | ||||||||||||
![]() | Basak S / Chakrapani S | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals two distinct serotonin-bound conformations of full-length 5-HT receptor. 著者: Sandip Basak / Yvonne Gicheru / Shanlin Rao / Mark S P Sansom / Sudha Chakrapani / ![]() ![]() 要旨: The 5-HT serotonin receptor, a cationic pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), is the clinical target for management of nausea and vomiting associated with radiation and chemotherapies. Upon ...The 5-HT serotonin receptor, a cationic pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), is the clinical target for management of nausea and vomiting associated with radiation and chemotherapies. Upon binding, serotonin induces a global conformational change that encompasses the ligand-binding extracellular domain (ECD), the transmembrane domain (TMD) and the intracellular domain (ICD), the molecular details of which are unclear. Here we present two serotonin-bound structures of the full-length 5-HT receptor in distinct conformations at 3.32 Å and 3.89 Å resolution that reveal the mechanism underlying channel activation. In comparison to the apo 5-HT receptor, serotonin-bound states underwent a large twisting motion in the ECD and TMD, leading to the opening of a 165 Å permeation pathway. Notably, this motion results in the creation of lateral portals for ion permeation at the interface of the TMD and ICD. Combined with molecular dynamics simulations, these structures provide novel insights into conformational coupling across domains and functional modulation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 135.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | serotonin bound 5HT3A receptor (state 2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Serotonin receptor
全体 | 名称: Serotonin receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Serotonin receptor
超分子 | 名称: Serotonin receptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換株: sf9 |
-分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.52366 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TQPALLRLSD HLLANYKKGV RPVRDWRKPT TVSIDVIMYA ILNVDEKNQV LTTYIWYRQY WTDEFLQWTP EDFDNVTKLS IPTDSIWVP DILINEFVDV GKSPNIPYVY VHHRGEVQNY KPLQLVTACS LDIYNFPFDV QNCSLTFTSW LHTIQDINIT L WRSPEEVR ...文字列: TQPALLRLSD HLLANYKKGV RPVRDWRKPT TVSIDVIMYA ILNVDEKNQV LTTYIWYRQY WTDEFLQWTP EDFDNVTKLS IPTDSIWVP DILINEFVDV GKSPNIPYVY VHHRGEVQNY KPLQLVTACS LDIYNFPFDV QNCSLTFTSW LHTIQDINIT L WRSPEEVR SDKSIFINQG EWELLEVFPQ FKEFSIDISN SYAEMKFYVI IRRRPLFYAV SLLLPSIFLM VVDIVGFCLP PD SGERVSF KITLLLGYSV FLIIVSDTLP ATAIGTPLIG VYFVVCMALL VISLAETIFI VRLVHKQDLQ RPVPDWLRHL VLD RIAWIL CLGEQPMAHR PPATFQANKT DDCSGSDLLP AMGNHCSHVG GPQDLEKTPR GRGSPLPPPR EASLAVRGLL QELS SIRHF LEKRDEMREV ARDWLRVGYV LDRLLFRIYL LAVLAYSITL VTLWSIWHYS |
-分子 #4: SEROTONIN
分子 | 名称: SEROTONIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: SRO |
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分子量 | 理論値: 176.215 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SRO: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: blot for 2.5 seconds. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-39 / 実像数: 2810 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 244 |
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得られたモデル | ![]() PDB-6dg8: |