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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7876 | ||||||||||||
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タイトル | BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ozorowski G / Steichen JM / Schief WR / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: A generalized HIV vaccine design strategy for priming of broadly neutralizing antibody responses. 著者: Jon M Steichen / Ying-Cing Lin / Colin Havenar-Daughton / Simone Pecetta / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Laura Toy / Devin Sok / Alessia Liguori / Sven Kratochvil / Jonathan L Torres ...著者: Jon M Steichen / Ying-Cing Lin / Colin Havenar-Daughton / Simone Pecetta / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Laura Toy / Devin Sok / Alessia Liguori / Sven Kratochvil / Jonathan L Torres / Oleksandr Kalyuzhniy / Eleonora Melzi / Daniel W Kulp / Sebastian Raemisch / Xiaozhen Hu / Steffen M Bernard / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Elise Landais / Jeffrey Umotoy / Amanda Robinson / Bryan Briney / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Shane Crotty / Facundo D Batista / William R Schief / 要旨: Vaccine induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV remains a major challenge. Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of certain bnAb classes; yet for ...Vaccine induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV remains a major challenge. Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of certain bnAb classes; yet for most bnAbs, a strong dependence on antibody heavy chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) is a major barrier. Exploiting ultradeep human antibody sequencing data, we identified a diverse set of potential antibody precursors for a bnAb with dominant HCDR3 contacts. We then developed HIV envelope trimer-based immunogens that primed responses from rare bnAb-precursor B cells in a mouse model and bound a range of potential bnAb-precursor human naïve B cells in ex vivo screens. Our repertoire-guided germline-targeting approach provides a framework for priming the induction of many HIV bnAbs and could be applied to most HCDR3-dominant antibodies from other pathogens. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7876.map.gz | 84.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7876-v30.xml emd-7876.xml | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7876_fsc.xml | 10.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7876.png | 60.3 KB | ||
マスクデータ | emd_7876_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_7876_half_map_1.map.gz emd_7876_half_map_2.map.gz | 71.3 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7876 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7876_validation.pdf.gz | 744.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7876_full_validation.pdf.gz | 744.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7876_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7876_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7876 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7876_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_7876_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_7876_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverte...
全体 | 名称: BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverte...
超分子 | 名称: BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: SOSIP trimer
超分子 | 名称: SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: BG18 fragment antigen
超分子 | 名称: BG18 fragment antigen / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.497836 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THECVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIE LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPKLR SMMRGEIKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THECVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIE LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPKLR SMMRGEIKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTPVQINCT RPNNNTVKSI RIGPGQAFYY FGDVLGDVRM AHCNISKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSLILPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG R |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 18.209594 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGTKHHH H HH |
-分子 #3: germline-reverted BG18 fragment antigen binding heavy chain
分子 | 名称: germline-reverted BG18 fragment antigen binding heavy chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.602631 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSGTLSL TCAVSGGSIS SSNWWSWVRQ PPGKGLEWIG EIYHSGSTNY NPSLKSRVTI SVDKSKNQFS LKLSSVTAA DTAVYYCARN AITIFGVVII GEYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSGTLSL TCAVSGGSIS SSNWWSWVRQ PPGKGLEWIG EIYHSGSTNY NPSLKSRVTI SVDKSKNQFS LKLSSVTAA DTAVYYCARN AITIFGVVII GEYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC |
-分子 #4: germline-reverted BG18 fragment antigen binding light chain
分子 | 名称: germline-reverted BG18 fragment antigen binding light chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.861195 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALPKQ YAYWYQQKPG QAPVLVIYKD SERPSGIPER FSGSSSGTTV TLTISGVQAE DEADYYCQS ADSSGTYWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列: SYELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDALPKQ YAYWYQQKPG QAPVLVIYKD SERPSGIPER FSGSSSGTTV TLTISGVQAE DEADYYCQS ADSSGTYWVF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 18 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Model 950 Advanced Plasma System | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 second blot time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 実像数: 1031 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6dfh: |