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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7469 | |||||||||
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タイトル | Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface (asymmetric reconstruction) | |||||||||
マップデータ | DASH/Dam1 complex (asymmetric reconstruction) | |||||||||
試料 |
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キーワード | DASH / Dam1 complex / Ask1 / Dad1 / Dad2 / Dad3 / Dad4 / Dam1 / Duo1 / Hsk3 / Spc19 / Spc34 / kinetochore / kinetochore-microtubule interface / chromosome segregation / cell-division / point-centromere yeast / NUCLEAR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / mitotic spindle ...DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / mitotic cell cycle / microtubule / cell division / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Jenni S / Harrison SC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface. 著者: Simon Jenni / Stephen C Harrison / 要旨: Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule ...Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule shortens. The heterodecameric DASH/Dam1 complex (DASH/Dam1c), an essential component of yeast kinetochores, assembles into a microtubule-encircling ring. The ring associates with rodlike Ndc80 complexes to organize the kinetochore-microtubule interface. We report the cryo-electron microscopy structure (at ~4.5-angstrom resolution) of a DASH/Dam1c ring and a molecular model of its ordered components, validated by evolutionary direct-coupling analysis. Integrating this structure with that of the Ndc80 complex and with published interaction data yields a molecular picture of kinetochore-microtubule attachment, including how flexible, C-terminal extensions of DASH/Dam1c subunits project and contact widely separated sites on the Ndc80 complex rod and how phosphorylation at previously identified sites might regulate kinetochore assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7469.map.gz | 475.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7469-v30.xml emd-7469.xml | 29.2 KB 29.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7469_fsc.xml | 21 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7469.png | 94.1 KB | ||
マスクデータ | emd_7469_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-7469.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_7469_additional.map.gz emd_7469_half_map_1.map.gz emd_7469_half_map_2.map.gz | 4.7 MB 154.6 MB 154.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7469 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7469 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7469_validation.pdf.gz | 642.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7469_full_validation.pdf.gz | 642.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7469_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7469_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7469 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7469 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | DASH/Dam1 complex (asymmetric reconstruction) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7469_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DASH/Dam1 complex (asymmetric reconstruction, boxed volume)
ファイル | emd_7469_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | DASH/Dam1 complex (asymmetric reconstruction, boxed volume) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1 (not masked, not filtered)
ファイル | emd_7469_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 (not masked, not filtered) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2 (not masked, not filtered)
ファイル | emd_7469_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 (not masked, not filtered) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : DASH/Dam1 complex
+超分子 #1: DASH/Dam1 complex
+分子 #1: Ask1
+分子 #2: Dad3
+分子 #3: Dad2
+分子 #4: Duo1
+分子 #5: Dad4
+分子 #6: Dad1,Dad1
+分子 #7: Hsk3
+分子 #8: Dam1
+分子 #9: Spc19
+分子 #10: Spc34
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 2.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 89 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2723 / 平均電子線量: 1.115 e/Å2 詳細: Movies collected: 50 frames with 1.115 e/A2 per frame |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30488 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | phenix.real_space_refine |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 240 / 当てはまり具合の基準: CC |
得られたモデル | PDB-6cfz: |